タンパク質結晶構造解析関係のマニュアル

外部リンク等：厳選されてます

• 重原子同形置換法 ver 2.0 千田俊哉先生のマニュアルを許可を得て当ウェブサイトで公開しています。Cool Classic!
• 蛋白質科学会アーカイブ 最強。
• BioKids Wiki 新しいソフトや手法もマメにテストして報告も丁寧！　くにをさん、どぶおさん、のりをさんの３人で書かれました。
• 第３回徳島プロテオミクスサマースクール 徳島文理大学で開かれたサマースクールのページ。「実験マニュアル」と「Linux早分かり」がイイです。
• CCP4のtutorial けっこう使える（失礼）
• UNIX入門 初心者のためのUnix/Linux講座。X線結晶構造解析をするなら必要な基礎知識です。
• マニュアル集 農工大の殿塚先生のHPへのリンク。Mac/Linuxへのインストールの方法などのマニュアルがいくつか。
• 構造解析Tips Rigaku 単結晶構造解析部門が提供するページ。「溶媒を含んだ結晶の低温データ測定」がとても参考になります。「Vm Calculator」も便利。
• Flash Cooling 低温データ測定についての分かりやすい解説。ただしちょっと古い。Gitay Kryger氏の論文をDan Peisachがhtml化しています。Brandeis大のG. A. PetskoとD. Ringeのラボのwebサイトにあります。
• たんぱく質と結晶 Protessional 初心者にも分かりやすく書かれています。これから構造解析を始める人は（もうベテランの人も）覗いてみるときっと得られるものは多いはず。名古屋大学の谷澤英樹さんのページ。残念ながら更新は停止中ですが、ここ以外にも、個人サイトのソフト紹介や、メモページなどにも有用な情報が多数あり。
• Hampton Research Crystal Growth 101 Literature, Crystallization Tipsなどがイイ。閲覧性は低いですが情報量の多さがすごい。現在は、右上の方のTech Supportの下にある。

本サイトのコンテンツ

• RでCDのmelting curveのフィッティングとTm計算 NEW!
• 糖のPDB identification codeのリスト NEW!
• Rを使ってる人は、 "hogehoge.df <- read.csv(file.choose())" を使ってみよう。信じるものは救われる
• RでK_m, V_max, V_max/K_mとそのfitting errorの計算 (single & simple)
• Rでpseudo-first-order reactionのフィッティング
• Rで分光学測定のフィッティング
• Rで酵素動力学のフィッティング
• Rで不可逆阻害のフィッティング
• Rでピンポン機構のフィッティング
• Rで競争阻害のフィッティング
• Refmac/cootでrefinement (finish編)
• Pymolでmovieを作る
• Fedora Core 6 インストールメモ
• Linux入門
• UNIX入門 (IRIX) (old)
• Structural Genomicsの動向を知ろう
• Oの使い方 (old)
• メーリングリストに入ろう
• Ｏで白いバックグラウンドのFigureを作る方法 (old?)
• DSSPの出力を整形するawkスクリプト
• pIと結晶化pHの関係
• 結晶化のコツ
• 結晶化：アミノ酸を添加剤に
• 結晶が塩か蛋白質かを見分ける
• Cryo Loopのマウントのしかた
• クライオ結晶の扱い方
• 結晶が出来たのに分解能が悪い場合
• Lysメチル化
• 限定プロテアーゼ処理 (Limited Proteolysis)
• HKL2000簡易マニュアル
• XDSとaimlessでデータ処理 NEW!
• 反射ファイルの変換 (old)
• Reindexのやり方
• xfit用phsファイルを作るスクリプト
• twinについて
• セレノメチオニン関連
• Halide Phasing
• molrepでお手軽分子置換　分子置換の手引きリンク集
• 分子置換のモデル構造を作る
• CootとRefmac5で行こう
• Cootのkey bindingを設定する
• 糖鎖を精密化
• dmを使おう (old)
• Oのrefi_zone (old)
• NCSの分子の比較 (old)
• 水の拾い方 (old)
• 水以外の分子の入れ方 (old)
• タンパク質結晶の中のPEG
• 精密化の最後に & PDBへの登録
• タンパク質構造の重ね合わせ
• オミットマップの描き方 NEW!
• 色んな図の作り方 (ESPript, Tops, ligplot, spock, 回転movie, and 構造変化movie >)
• OでNCS分子を別の色で表示する方法
• Linuxでmolscriptをコンパイルする
• 空間群の決め方
• 空間群の表 NSLSにも似たような表があります。
• f', f''を知るには
• その他
• BL18Bの写真(2000.11.29)
• BL6Aの写真(2001.2.17)

リンク集