S. Fushinobu
2006.4.11 最近は、cootを使って分子を入れるのが一番楽で確実。くわしくはこちらを。ライブラリにない分子はPRODRG serverなどを使って作る(Acta Cryst. (2004). D60, 1355-1363)。
HIC-Upに行って、目的の分子を探す。
目的の分子がない場合には、部分的に似ているPDBファイルを取ってきて、組み合わせたりして、なんとか自分の欲しいファイルを作った後、connectivity/parameter/topology fileをXPLO2Dを使って作成する。
目的の分子があった場合、PDBファイルと、Oのconnectivity fileを取ってくる。
foo.pdbとfoo.datというファイル名でセーブしたとする。
conn_file foo.dat でconnectivity fileを読み込む
（foo.pdbの、HETATMをATOMに変える必要あり？）
s_a_i foo.pdb foo mol foo zone ; end move_zone foo (rangeを入れる)
分子を動かして、電子密度に入れる。(0,0,0)あたりにあるので、思いっきりzoom outしないと見えないかも知れない。
data/torsion.oを参考にして、torsion fileを作って読み込めば、torsion_residueも使えるようになる。
CNSで精密化する場合
A. HIC-Upからparameter fileとtopology fileも取って来て使用する。
B. USFのxplo2dを使って、PDBファイルからparameterとtopology fileを作る。
上記２つの方法とも、元にしたPDBファイルの値のまんまでparameter fileが記述されているので、注意。torsion angleなどは、flatであるべき場合には180°のような理想値を入れ直したり、自由に回転する場合にはエネルギー項をゼロにしたりする。parとtopをよーく眺めれば、何が書いてあるか分かるはず。
ただし、C, N, O,
S以外の原子（たとえばFe）が入っている場合、anneal等をしたときに、SCATterが定義されていない云々、というエラーメッセージが出て止まることが有る。このような場合は、
/usr/xtal/cns_solve1.0/libralies/xray/scatter.lib
を自分の所にコピーしてきて、FEX1等、自分の使っているATOM
TYPEにも適当なSCATterパラメータを設定して、
例：
SCATter ( chemical "Fe+3" or chemical "FE+3")
↓
SCATter ( chemical "Fe+3" or chemical "FE+3" or chemical "FEX1" )
anneal.inp等の「ここより下は普通は変更しない(!)」という部分の少し下にある
@CNS_XTALLIB:scatter.lib
を
@scatter.lib
と変更する。
注：minimize.inp,
bindividual.inp等にはこれは一ヶ所しかないが、water_pick.inpは三ヶ所もある。
ccp4bbにGerard DVD Keiwegtが書いてたプロトコルも載せときます。
*** For details on how to be removed from this list visit the ***
*** CCP4 home page http://www.ccp4.ac.uk ***
> I would like to know whether some one has the topology and parameter files
> for acarbose for the CNS suite.
> If so, could you please e-mail the same to me?
DVD's E-Z Guide to Top and Par Files for Heteros
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(1) go to HIC-Up (http://xray.bmc.uu.se/hicup/)
(2) click on "Search HIC-Up"
(3) enter "acarbose" in the Google search box and click the search
button
(4) this gives four hits (ACR, ABD, ABC, GAC); select the one
that you want and click on the corresponding link
(5) this gives you the HIC-Up page for your compound with loads
of information and links
(6) to run the PRODRG server on your acarbose compound, scroll
down and hit "Run PRODRG"
(7) in many cases, the PDB file you get out of PRODRG will have
more sensible geometry than the one found in the PDB; save
it in a file
(8) select the "HIC-Up server" and upload the new coordinate file
to get CNS, O, etc dictionaries calculated using the new
coordinates
(9) save this e-mail so you'll be able to find it again next time
you need dictionaries for a hetero compound
--dvd
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Gerard J. Kleywegt
[Research Fellow of the Royal Swedish Academy of Sciences]
Dept. of Cell & Molecular Biology University of Uppsala
Biomedical Centre Box 596
SE-751 24 Uppsala SWEDEN
http://xray.bmc.uu.se/gerard/ mailto:gerard@xray.bmc.uu.se
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The opinions in this message are fictional. Any similarity
to actual opinions, living or dead, is purely coincidental.
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