S. Fushinobu
Oのマニュアルは、リファレンスマニュアルが主体になっているので、とても読みづらく、その上、version 5.10.3のものしか存在しません。
"WWW O"の中に、"Getting started with O"というのがあるので、これがある程度参考になります。
また、Alwyn T. A. Jones自身が書いた"O essentials"というリファレンスマニュアルは、バージョンが新しいので、結構役に立つでしょう。
USFのDr. Gerard "CD" Kleywegtの手になる、"O for Morons"という人を食った名のtutorialはクセが強いのですが、なかなか高度な技も使えて素晴らしい内容になっています。私は、これを読んでOの使い方を学びました。caltechのhtmlバージョンもあります。
同じく、USFの"O for the Structurally Challenged"も参考になります。ftpでも取ってこれますし、htmlバージョンもあります。"O for Morons"より、こっちの方が実用的かも。
さらに検索してみたら、caltechのマニュアルも見つかりました。かなりsite specificな情報も含まれていますが、詳しく記述されています。
ここでは、酵素研流のOの使い方を説明します。ウチでは、version 6.2.2が一般的に使われています。
マップの表示には、以下のような方法(symbコマンドでmap1, con1, col1, box等を指定して、map1, map2などのマクロを読み出す方法）よりも、fm_コマンドを使った方が簡単みたいです。これですと、CCP4やCNSが吐いたマップファイルを(mapman等を通さなくても)そのまま読み込めますし。詳しくは、"O essentials"の中の"FM commands"の項を参照のこと。
準備と起動
何かディレクトリを切っておく。"o"とかいう名前が一般的。
マクロ・スクリプト等のファイル群をcopyしてくる。
pdb/mapコピー
onoで起動
リターン連打
@startup スクリプト集の中の、startupというマクロを読み込む。メニューなどがセットアップされる。
s_a_i foo.pdb foo.pdbというpdbファイルを読み込むコマンド。sam_atom_inの略（マニュアル参照）
ann1 molecule nameを聞いてくるので、例えば、ann1などと入力。
注：Oは、読み込んだ分子(PDB)に対して、それぞれ、必ずmol nameを設定する必要がある。
mol ann1 これから表示するmol nameを指定する。ここでは、ann1を入力。
zone ; end 分子の全範囲をワイヤフレームで表示する。a100〜a200だけを表示したければ、zone a100 a200 end
centre_zone ann1 a4 b211 分子を、画面の中心に持ってくる。ここでは、ann1が、a4〜b211まである場合。
注：centre_zoneとだけ入力すると、最初の残基と最後の残基を順にクリックするように聞いてくる。このように、コマンドがactiveになっている場合には、画面左上に、そのコマンド（この場合はcentre_zone）が表示された状態になっている。この状態を抜け出すには、メニューのControls -> Clear flagsで中断できる。覚えておくと、便利。
ダイアルを使って回す ダイアルの割当ては、画面左下に出てくる。
ダイアルがない場合には、メニューの
Calphaを表示
（オブジェクト名の設定）
obj ca
ca ; end
symb map1 foo21.omap
symb box 20 20 20
symb col1 blue
symb con1 1.5
symb map2 foo32.omap
symb col2 orange
symb con2 1.5
@map1
mut_repl
lego_side_ch
move_zone
ce_at ann1 a4 ca
Menus -> user menu (左上チェックで、メニュー出っ放し。右上ドラッグでメニューを動かせる。)
@map1を押す。
@mr-reb-menu
symb mol1 ann1
@next_res
見える側鎖で、
mut_repl
ann1
a17 glu
消える
@mol1_zone
lego_side_ch
F1キー
左右矢印キーで立体度調節
tor_res
s_a_o ann1_1.pdb ann1
symm_setup (cell constant, space groupを入力)
@symwrt
symm_cell
@save_as.mac
foo.o
quit
(stop)
ono foo.o