Reindexのやり方

2007.6.18 S. Fushinobu

反射のreindexが必要なケースはいくつかありますが、よくあるのは、以下のような場合でしょう。

• Hexagonal (trigonal) の空間群で(h, k, l) -> (k, h, -l)として指数付けの向きがc*軸向きに反対向きになっている。これがinconsistentだと、scalingした場合にR因子が45%くらいになってしまうので気づく（千田先生のマニュアルにも書かれている）分子置換で解く時には大抵は不要ですが、MIRやMADの場合にはreindexが必要になる場合がある。例えば３波長でMADをかけていると、１波長だけ裏返しになっていたりするので（solveを使っている場合にはsolve.prtの中をじっくり眺めること）、これだけreindexすればよい。
• Orthorhombicな空間群（特にP 2₁ 2₁ 2とP 2 2 2₁）で、a, b, c軸の順番を変える。軸の取り方は基本的に小さいものから大きいものへ、だが、これら２種類の空間群は、２回らせん軸が他と違うものをc軸に取るようになっているので、最初のデータ測定で軸上の反射を取りきれていない場合、後でらせん軸が全て分かった時にreindexが必要となることがある。hkl→lhkやhkl→klhのようにpermutationをするように変換して、手系を裏返しにしないように。
• R 3 / R 3 2から H 3 / H 3 2への変換。
• 経験したことはないが、P23, I23, F23などのcubicなセルで(h, k, l) -> (k, -h, l)とする場合もあるらしい？

ここでは、HKL2000のscaを、ccp4 (6.0.2)を使って(mtzを経由して)変換する方法を紹介します。

1. Data Reduction→Import Merged DataでScalepackからmtzへ変換。"Keep the input intensities in the output MTZ file"のチェックを必ず入れる。Anomalousを使っている場合には"Use anomalous data"をチェックすることを忘れない。"Run truncate ..."はこの場合は不要。
2. Reflection Data Utilities→Reindex Reflectionsでさっき作ったmtzファイルをreindexする。"Choosing a standard transformation"を使えば一般的な変換マトリックスが出て来る。
3. Reflection Data Utilities→Convert from MTZで、SCALEPACKフォーマットへ再変換。必要なのはI(+), SIGI(+), I(-), SIGI(-)。出力ファイルの拡張子はデフォルトでは.hklになるがここで.scaにしておくとよい。