S. Fushinobu
あくまで2007年6月頃の状況下でのメモ書きなので悪しからず。一応、PC初心者向けに書いたつもりですが。。
Machine: Dell optiplex 740 (AMD Athlon 64bit) or Dimension 9200C (Core 2 Duo)
OS: Fedora Core 6 (i386)
参考リンク：
Fedora Coreのホームページから6のi386のディスクイメージ(.iso)をすべてダウンロード(disk 1-5 & rescue cd)。
x86_64だと、対応してないソフト（特にグラフィックを使うPymolやCootなど）が多いので、後で面倒。
ディスクイメージを使ってCD-Rを焼く。市販のソフト(Easy CD Creator等）が入っていない場合には、CD ManipulatorやImgBurnなどを使う。
WindowsのパーティションをPartition Magic 7を使って切りなおす。半分くらいを未使用領域に空ける。
Partition MagicやHD革命/BackUpなどの市販のソフトを使わなくても、Knoppix（Linuxの1種）のツール(QTParted)を使ってもできる。
パーティションの確認は、XPの場合、コントロールパネル、パフォーマンスとメンテナンス、管理ツール、コンピュータの管理、ディスクの管理、で可能。
Disk 1を入れてマシンを再起動。CDからブートしない場合には、BIOSをいじってBoot Sequenceを変える。（BIOSをいじるモードにするには起動時の最初の所をよーく眺めるとどのボタンを押せばいいかわかる。この機械の場合にはF2だった）
指示に従ってインストール。インストールする場所については気をつける。この場合だとデフォルトは、Linuxパーティションを削除してインストールする、というのになっている。Windowsのディスク管理ツールで未使用領域にしていれば、未使用領域にインストールするように変更する。
インストールするパッケージはできるだけ多く入れる方が後で便利だが、今回はなぜか、Extrasを入れようとしてレボジトリをいじるとバグが出て落ちる。レポジトリのバグでインストールできなかったextrasやcoreのパッケージ（例えばccp4に必須なcompat-libstdc++-33など）は、後でyumを使ってインストール（後述）。
CDを取り替えながらインストールする。
再起動時に、"cannot display this video mode Optimum resolution 1280x1024"と出てきて、画面に何も出ない場合、ビデオ出力の解像度が合わなくてディスプレイが表示できないだけである。その場合、rescue CDを使ってブートして、Linuxパーティションを(/mnt/sysimage/に)マウントした後、etc/X11/xorg.confをviを使って編集（vi filenameで起動、hjklで移動、aで入力モード入る、ESCで入力モード出る、ddで１行削除、ZZで書き出して終了）、Section "Screen"のSubSection "Display"に、Modes "1280x1024"を追加。編集が終わったら、exitでrescueモードを出てreboot。
Fedora Core 6では、パッケージアップデータとGUIツールがあって、自動的にyumを使ってアップデートしてくれる。この場合には278個のアップデートがあったので、全部やらせてみる。
pidgin-2.0.1-1.fc6とgaim-2.0.0-0.31.beta6.fc6がコンフリクトを起こして止まったので、pinginとgaimのチェックをはずしてもう一度走らせると、うまくいった。
再起動後、gaim, pidginの順にアップデートすれば全部できた。
Boot Sequenceを変えるには（defaultでWindowsが立ち上がるようにするには）、/etc/grub.confを編集して、OthersとFedora Coreの順番を入れ替える。タイムアウトの時間も変えられる。
まずはPymolをDownload。Linux用の0.66-rc6-bin-linux-x86-glibc23.tgzを落とす。以下主にsudo/suして作業
例えば、/usr/xtal/の下に（gunzipとtar xvfを使って）展開した場合、
./setup.shを走らせた後に、
ln -s /usr/xtal/pymol/pymol /usr/local/bin/pymol
といった感じでpathの通ったディレクトリにシンボリックリンクを張る。
自分の.bashrcに
export PYMOL_PATH=/usr/xtal/pymol
を加える。
次にCCP4 6.0.2ダウンロード。automated download、Linux Fedora COre 1->6 (x86)。All CCP4 packages and external toolsにチェックして、Executableのみのタブを選び、Continue。Agreeするとtarファイルが出るので、ディスクに保存。以下主にsudo/suして作業
例えば、/usr/xtal/ccp4-6.0.2の下に展開する。(tar xvf filename.tar)
そこでREADMEを読む。./install.shを走らせる。
画面に出て来る指示に従って、$CCP4/setup-scriptsの下のシェルスクリプトを.bashrcファイルに書き込む。
ccp4iでtruncateを走らせようとすると、libstdc++.so.5がない、というエラーで止まってしまった。これは、必要なパッケージがインストールされていないためである。そこで、yumコマンドを使う。
# yum search libstdc++.so.5
これで見つからない場合は、
# yum provides libstdc++.so.5
これで、compat-libstdc++-33が必要なことがわかる。
# yum list > file
# less file
で調べてみると（パッケージが多すぎるので一旦ファイルに落とす）、compat-libstdc++-33とcompat-libstdc++-296があることが分かるが、前者はコンパイラ(g++など)のバージョンが3.3とかでコンパイルされたバイナリを使う場合に必要なものなので、296はほとんど使うことはないそうな。
したがって、
# yum install compat-libstdc++-33
とやればおっけい。
あるいは、compat-libstdc++-33は "Legacy Software Development" というgroupに含まれるので、
#yum groupinstall "Legacy Software Development"
とやる。
FAT32フォーマットしてあるHDDなら、gnomeを使っていればUSBでつないだらすぐに自動でマウントしてくれて便利。ntfsフォーマットはntfs関連のパッケージをインストールすれば読み書きできるようだが（未確認。yum search ntfsで出て来るのを全部installすればよい？）、現時点で読み込みしかサポートしていないらしい。
ただし、Windows XP OS標準のディスク管理ツールでは外付けHDDをFAT32フォーマット出来ない。
KnoppixのQTPartedを使う方法やBuffaloのDisk Formatterを使う方法などがあるようだ。