リンク集 - Links
東京大学関連
科学・コンピュータ一般
- 国立国会図書館 ここにもWebOPACがあって、文献検索ができる
- Google Scholar Googleで文献（査読付論文、学位論文、本、プレプリント、要旨、技術レポートなど）の検索が出来る。Citationへのリンクも出るので、PubMed(NLM)と併せて使うといいかも。
- DOI digital object identifierの略。DOIは電子的な文書・論文を引用・リンクするために使われる。文書のURLが変わってもDOIのリンクは変更がない。DOI Foundationはこれを管理している。学術雑誌を出している出版社の多くはDOIを元にしたCrossRefというリンクシステムを作っています。
- Funaのホームページ 化学薬品、化学物質データベースが便利。日本語入力で化学物質検索。ChemFinderへCAS番号リンク。
- Abstract Club Ricohの有志の方々がScienceなどの要旨を日本語に翻訳して下さってます。
- J-GLOBAL 科学技術総合リンクセンター by JST。
- Researchmap 日本の研究者のデータベース by NII。
- ORCiD 研究者に割り振る識別IDからなるデータベース。各種の雑誌が採用してデファクトスタンダードになりつつある？
- ResearcherID 研究者のデータベース by Thomson Reuters。こっちもORCiDと同様によく使われる。Web of ScienceやEndNoteとの連携もある。
- Scopus 抄録・引用文献データベース by Elsevier。
- Publons 査読活動の評価システムの構築を目指して作られた。査読ばっかりしてて誰にも何も言えないのは悲しいぞ、という人はここに登録して自分が査読した論文を登録しまくればよいのでは。一応Natureにも取り上げられている（doi:10.1038/nature.2014.16102）
- 研究.net 企業の研究開発情報を掲載。研究イラスト素材が使える。
- 科学論文に役立つ英語 努力と継続により「科学（論文）英語」を会得した先達が惜しげも無く秘訣を披露。簡潔にしてポイントを押さえた文章は科学者ならでは。同じく科学論文を書く者として、具体的なエピソードが身に染みる。口語ではあまり使わないが科学論文では頻出する品詞のリストや、関係代名詞・分詞構文などの文法の解説は超便利。リンク集も覗いてみて。東北大金属材料研の大山先生。COOL!
- 翻訳と辞書 翻訳のためのインターネットリソース
- Weblio辞書 複数の辞書や用語集を一度に検索できる。ウェブリオ株式会社による。
- スマート翻訳 オンラインで見積・発注できる翻訳代行サービス by ウェブリオ
- スペースアルク 英和・和英辞書の英辞郎 on the WEBがある。
- jp.bab.la ドイツ拠点の多言語ポータルサイト。英和・和英をはじめ１６ヶ国語のオンライン辞書、言語学習のポータルサイト。多言語での例文集もある。
- UNIXコマンド概説 Linuxの新人向けに分かりやすく書かれている。堀田さんの「ネットワーク管理者（の卵）養成講座」より
生命科学一般
リンク集・ポータルサイト等(生命科学一般)
プロトコル集(生命科学一般)
データベース・解析サーバ(生命科学一般)
ソフトウェア(生命科学一般)
- ライフサイエンス辞書プロジェクト COOL!
- EndNote Home Page 定番文献管理ソフト(Mac, Win)
- 文想工房 フリーの文献管理ソフト(Win)
- MacClade Home Page 系統樹を描くソフト(Macintosh)
- GENETYX 総合遺伝子情報処理ソフト
- ClustalW(ftp) アミノ酸配列アラインメントソフト(Macintosh)
- ClustalX Clustalのグラフィック版ソフト。 COOL!
- MEGA DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのソフトウェア。Win, Mac, Linux版がある。Molecular Evolutionary Genetics Analysisの略。 田村浩一郎先生による。 COOL!
- eBioinformatics eBioTools(300以上のオープンソースのバイオインフォのプログラムの集合体)とeBioX(そのGUI)。For Mac OS X。COOL!
- XPlasMap DNAマッピングプログラム for Mac OS X。
- ApE A plasmid Editorの略。Windows版とMac版があって使いやすいらしい。 COOL!
- The Barton Group 配列の解析などさまざまなソフトを開発しているらしい。
- EMBOSS Unix/Linuxで動く配列解析ソフト集
- Vector NTI DNA解析統合ソフトウェア。Invitrogen。
- pDRAW32 DNAクローニング、配列解析、プラスミド／DNA描画ソフト。フリーウェア。Windows用。
- DNA Strider DNA配列解析ソフト。MacOS用。公式サイトはありませんが。。探すと入手できるかも。
- PlasmaDNA DNA解析／編集ソフト。フリーウェア。Windows版とMac OS版あり。ヘルシンキ大のDr. Alexandre Angers-Loustauによる。
- GENtle DNAとアミノ酸配列の編集、データベース管理、プラスミドマップ描画、制限酵素処理とライゲーション、アラインメント、計算、ゲルイメージの表示、PCRなどの機能を持つフリーウェア。Windows, Mac OS, Linux版あり。
- Geneious DNA解析統合ソフトウェア。Mac OS用。
- EnzymeX DNA配列解析ソフト。Mac OS用。
- MacVector DNA配列解析ソフト。Mac OS用。日本での販売およびサポートはセレスバイオサイエンス社による。
- Lasergene DNA解析ソフトウェア。Windows版とMac OS版あり。DNASTAR社による。
- BioEdit DNA解析ソフト。Windows用。
- Staden Package DNA配列解析ソフト。Windos, Mac OS, Linux版あり。
- XDrawChem X Window 環境で動く、ChemDrawのような2-D 化学構造描画ソフト。オープンソース。 Windows、Unix、Mac OSで利用可能。
- BKChem 同じくChemDrawのような2-D 化学構造描画ソフト。GNU/Linux, WInXP, MacOS。
- ACD/ChemSketch 同じくChemDraw系ソフト。
- ChemDoodle 同じくChemDraw系ソフト。
- BFrontier Androidで使える各種アプリを開発中。ゲル電気泳動の距離測定ツールとか、コロニーカウンターはかなり使えそうだ
- Nanoniele 化学略語と科学技術の略語の一覧＆検索サイト。牧岡良和さん。 COOL!
特定のタンパク質のサイト(生命科学一般)
大腸菌・微生物関連(生命科学一般)
タンパク質・立体構造・Ｘ線結晶構造解析
手引書・リンク集等
データベース・解析サーバ（タンパク質・立体構造）
- The RCSB Protein Data Bank 言わずと知れたPDB。阪大のミラーサイトもあり。
- MPDB Membrane Protein Data Bank ついに出た。膜蛋白質の構造・機能データベース。
- TARDIS 各種の結晶構造を解くのに使った生データ（反射イメージ）が置いてあるサーバー。
- Electron Density Server (EDS) PDBの座標・構造因子データから電子密度を計算して、いろいろ解析した結果を載せたサーバ。自分のPDB entryをもう一度見直してみては？ UppsalaのGerald J. Kleywegtらによる。
- PMDB Protein Model DataBase。構造予測されたタンパク質のモデル構造を載せるデータベース。モデリングした構造を元に議論した論文を投稿する時にdepositが要求される場合がある。
- ExPASy タンパク質関連の総合サーバ
- ModWeb 立体構造予測（ホモロジーモデリング）をしてくれるサーバ。Restraint-based。
- WHAT IF 蛋白質の構造の色んな解析をしてくれる。ホモロジーモデリング、リガンドのドッキング、静電ポテンシャルの計算、構造評価、表示などもできるらしい。
- Biotech Validation Suite for Protein Structures [mirror] 蛋白質の構造の評価 Procheck, what_checkと同様。
- STAN 水か金属イオンの判定(WASP)、cisペプチドの判定(CISPEP)、その他色々(MOLEMAN2)をやってくれるサーバー。USF。
- METAL COORDINATION SITES IN PROTEINS 蛋白質中の金属配位サイトの情報が沢山載っている。エジンバラ大のMarjorie M Hardingによる。 COOL!
- CheckMyMetal: Metal Binding Site Validation Server 蛋白質中の金属配位サイトをチェックできるサーバー。 COOL!
- MESPEUS 蛋白質中の金属配位サイトの検索ができるデータベース。
- EMBL BIOcomputing Unit 色々役立つサーバがある。Properties of Amino Acidsは参考になるかも。
- H++ 生体高分子の解離基のpKaとプロトン化状態を予測してくれる。Virginia Techのグループによる。
- PROPKA こちらも蛋白質のpKaを予測してくれる。とても速いとか。 Jensenの研究グループによる。
- Kerlsberg+ pKaの予測。DemirとKieseritzkyによる。
- SCOP タンパク質の立体構造の分類
- CATH タンパク質の立体構造の分類
- FSSP タンパク質の立体構造の分類。EMBL系
- Superfamily 全ての蛋白質とゲノムをSCOPのsuperfamilyのレベルでアノテートしたデータベース。サーチ／ブラウズの機能が豊富で使いやすそう。
- Dali (old servers 1 2) 新規の構造を解いたらここで検索（もしくはUSFのdejavuを使う）。EMBL系。FSSPと連動している。
- VAST Daliと同様、似た構造を探してくれる。NCBI。
- Dejavu Server USFのDejavuのサーバー版
- CE Combinational Extension法による類似構造の検索。
- Matras 類似構造の検索および3Dアラインメント。アミノ酸配列のアラインメントなど、出力もしっかりしてて便利です。Pairwise alignment、multiple alignmentの両方があって使いやすい。川端猛先生による。
COOL!
- SALIGN 配列/構造アラインメントを行うサーバー。MODELLERのモジュールの一つ。タンパク質のアミノ酸配列と立体構造のいくつかの特徴を利用して並べてくれる、そうだ。
- FATCAT 類似構造の検索。Pairwise Alignmentもやってくれる。
- FoldMiner 類似構造と構造モチーフの検索
- MSDmotif 構造モチーフの検索。例えば、活性部位や結合部位でリガンドと相互作用している残基で、似たような例がないか探せる。
- SSM (Secondary Structure Matching) ２つ（以上）の構造を三次元で比較するinteractiveなサーバー。ソフトのダウンロードもあり。
- Superfamily アミノ酸配列を入れれば、類似配列の検索やアラインメントなどをやってくれる。ゲノム配列のアサインメントをブラウズすることもできる。
- MEME/MAST 配列のモチーフを探す。T. L. Baileyによる。
- myHits タンパク質のドメインおよびモチーフを探す
- 国立遺伝研大量遺伝情報研究室 西川研。
- GTOP 全ゲノム立体構造予測データベース。
- PMD 変異タンパク質のデータベース。
- LIBRA I 3D-1D法による立体構造予測と配列ホモロジーサーチ。
- PSA 二次構造予測など、アミノ酸配列の解析をしてくれる。ボストン大。
- PredictProtein アミノ酸配列の解析と構造予測。
- DisProt 蛋白質のdisorderに関するデータベース。Disorderの予測サーバーのリンク集が秀逸。
- DISOPRED2 Disorder Prediction Server 天然変性状態にある(Intrinsically Disordered)部分を予測するサーバー。結晶化するときのコンストラクトを作るとき、どこまで縮めるかを決めるのに、役に立ちそう。現在はpsipredのサーバに統合されてるみたい。
- PrDOS Disorder予測サイト。
- GLOPBPLOT Disorder、ドメイン、Globularityの予測サーバー。
- Structural Bioinformatics Group Imperial College, UK SternBergのラボ
- Biomolecular Modelling Lab. UKのPaul A. Batesのラボ。これら２つのラボで以下のサーバを運営中。
- 3D-PSSM 立体構造予測。1D-3D Profile, 二次構造情報、溶媒相互作用等に基づく。
- SAWTED アミノ酸配列から、構造の解けてるホモログを探してくれるらしい。3D-PSSMに内包されてる？
- 3D-JIGSAW ホモロジーモデリング。テンプレートにしたい構造がPDB にある場合にはこれが簡単なのでオススメ。
- 3D-GENOMICS タンパク質の立体構造でゲノムを比較。Fold, 生物種、テキストサーチ、配列のaccession codeなどからゲノムデータベースを探せる。
- Domains 座標ファイルから、ドメインをアサインしてくれる。
- Hydrophobicity Plot その名の通り。疎水性残基のプロット。
- Protein Structure Laboratory Michigan State Univ.のLeslie Kuhnのラボ。
- Consolv タンパク質の表面に結合した水の保存性を調べる。
- WatCH 一連のタンパク質構造から、保存された水の結合サイトを探す。
- ProFlex タンパク質の構造から動きやすい領域を予測。旧称FIRST。
- ROCK タンパク質の構造のうち、動きやすい部分が、どのようなコンフォメーションをとるか［ランダム・ウォーク」方式で探す。"Rigidity Optimized Conformational Kinetics"の略。
- Sequery PDBの中から、特定のアミノ酸配列のパターンを探す。
- SSA ペプチドの座標（立体構造）から二次構造をアサインする。４残基のペプチドで計算する。普通はSequeryと一緒に使う。
- SLIDE タンパク質の特定のサイトに結合する有機化合物やペプチドのデータベースをスクリーニング。、"Screening for Ligands by Induced-fit Docking, Efficiently"の略。
- StoneHinge ヒンジの予測。
- HOMA HOmology Modeling Automaticlly。自分のPDBファイルを元にホモロジーモデリングをするには最適のサーバー。結果のエネルギー最小化までやってくれる。 COOL!
- FUGUE Profile Lib Search ホモロジーモデリング（？）。かなり似てないタンパク質でもPSI-BLASTをかけて答えを出すらしいので3D-PSSMと一緒に。HOMSTRADに対してFUGUEをかける。玄人筋に評価が高いらしいので、迷わずやれよ、やれば分かるさ。
- HMMSTR/ROSETTA Server ホモロジーモデリング（？）。これも、似てないタンパク質でも解を出すらしい。Chris Bystroff, Vesteinn Thorsson, David Bakerらによる。
- SCWRL Server ホモロジーモデリングのサーバー。注：テンプレートのPDBファイルは、ATOMレコードだけにして、その他の行は入れてはいけません。END行さえも入れてはだめです。あと、Internet Explorerでダメな場合には他のブラウザを使って下さい。それさえ守れば簡単にモデルが得られますので、PDB entryではなくて自分自身のPDBをテンプレートにしてモデリングしたい人にオススメ。
- ESyPred3D 新しいホモロジーモデリングのサーバー。
- HHpred ホモロジーモデリングをしてくれる。MODELLER keyが必要だったり何段階か必要だが、基本的にはautomaticで、よく似てる構造がなくてもなんとかモデルを組めるようだ。玄人筋の評価が高いらしい。旧名HMMpred。Max Planck InstituteのBioinformatic Toolkitの中にある。
- SDPMOD SS結合（ジスルフィド結合）を持つ小さい(100aa以下)タンパク質用のホモロジーモデリングのサーバー。
- SSBOND タンパク質に新たにSS結合を導入するにはどの残基ペアを変異させればよいか？この答えに答えてくれるサーバー。Fortran77で書いたプログラムもあります。
- TITO 20%以下の低いホモロジーを利用してホモロジーモデリングする時にはこれを。Threadingを利用するらしいので。
- FoldIndex アミノ酸配列から、そのタンパク質がちゃんとfoldするか？を判定してくれる。値がプラスならば少なくともその部分はちゃんとfoldする、ということらしい。この論文のアルゴリズムを使用したそうです。
- Search similar protein structure via WWW 立体構造のアラインメント(MAPS)と、立体構造の似たタンパク質の検索(TOP)。Dr. Guoguang Luによる。
- SSM 二次構造をもとに立体構造の重ね合わせをしてくれるサーバ。Secondary Structure Matchingの略。EMBL-EBIのMSD(Macromolecular Structure Database)。
- Protein-Protein Interaction Server 蛋白質間相互作用のサーバ。
- PISA 生体高分子（タンパク質、核酸など）の相互作用を調べたり、四次構造形成を予測したり、構造上類似性のある相互作用を検索したりできる、インタラクティブなツール。スタンドアロン版あり。Sports Music Assemble People、ではなく、Protein Interfaces, Surfaces and Assembliesの略。EMBL-EBI。
- SCOPPI ドメイン間相互作用のデータベース。SCOPのドメイン定義に従って行う。Structural Classification of Protein-Protein Interfacesの略。すこっぴ。
- Binding MOAD タンパク質とリガンドの結合に関するデータベース。2.5Å以上の分解能でリガンドが結合している構造と、結合に関する定数（Kd, Ki, IC50）が載っている。
- PiQSi 四次構造を正しく調べて管理するためのコミュニティ。現段階で、PDBに記載されている約10,000の構造のbiological unitsのうち、約15%が間違っている可能性があるそうです(Structure 15(11), 1364-1367, 2007)。ピクシー、と読むんでしょうか。
- ZDOCK Server タンパク質-タンパク質ドッキングをやってくれるサーバー。対称性を持ったマルチマーのドッキングをするM-ZDOCKもある。
- GANDivA Web タンパク質を小さなモジュール単位（自発的にフォールドするユニット：foldronと定義）に分割してくれるサーバ。
- SPASM Server PDBデータベースの中から、似た構造モチーフを探す。USFのSPASMのサーバー版。
- CASTP 蛋白質のポケット／キャビティを見つけてくれる。USFのvoidooのように。CSB@Minnesota Uの古いCASTサーバも生きてます。
- SuMo PDBデータベースの中から、似たサイトを見つけてくれる。リガンド結合サイトの検索。フランスのIBCP。
- Q-site Finder リガンド結合サイトの検索。エネルギー計算に基づく方法。ヘルプはこちら。
- Pocket-Finder リガンド結合サイトの検索。形状に基づいたLIGSITEアルゴリズムによる。ヘルプはこちら。
- TCBRP タンパク質の結合サイトの残基を計算するツール。A Tool for Calculating Binding-site Residues on Proteinsの略。Dr. Changhui Yanのグループによる。
- eF-site 蛋白質の分子表面の静電/疎水的な性質のデータベース。中村春木先生による？
- Protein Function Prediction Server 機能未知蛋白質の機能を予測するサーバー。アミノ酸残基の割合、二次構造、分子表面の特徴などから判断するそうです。
- ConSurf 蛋白質のアミノ酸配列の保存性を分子表面にマッピングし、機能性部位を予測するサーバー。
- ProtSkin タンパク質のアミノ酸配列保存性のマッピングをしてくれるサーバ。
- Illustrate David S. Goodsell先生のイラスト風のタンパク質構造の図を作ってくれるサイト。 COOL!
- Protein Loop Classification ループの分類データベース
- Database of Macromolecular Movements (molmovedb.org) 生体分子の動きのデータベース。Morph ServerやHInge Analysisなど、使えるサービスが沢山。 COOL!
- Dynamite 簡単なMolecular Dynamicsをやって、蛋白質がどのような動きをしているか可視化してくれるサーバー。 PDBを投げれば簡単に結果が返ってくる。特定の結合サイト（や活性部位）の動きを予想してくれるDynapocketもある。Benjamin Hall, Paul Barrett and Martin Noble @ Univ. Oxford
- Outer membrane protein topology prediction 外膜蛋白質のトポロジーを予測。Dr. Kay Diederichsによる。
- SOSUI Server 膜タンパク質の立体構造予測サーバ。
- NetNGlyc N-リンク糖鎖のサイトをAsn-Xaa-Ser/Thrシークオンの中から予測するサーバー（ヒトのタンパク質であると仮定して）。
- JCGGDB 日本の糖鎖科学に関するデータベースの全てを統合する最強のポータルサイト。 COOL!
- glycoSCIENCES.de 糖鎖に関する最強ポータルサイト。糖鎖のデータベースやモデリング（例えばSweet2）、各種ツール（例えばPDBの糖鎖構造をチェックしてくれるpdb-care/pdb2linucs/CARP）など。Willi von der Liethの死去により一時休止していたが2010年に復活。 COOL!
主要なタンパク質分類データベース
アミノ酸配列を元にタンパク質のファミリーを決めているデータベースたち。PfamのFAQを元に作成しました。
- InterPro 蛋白質のファミリー、ドメイン、機能部位、モチーフ検索など。とりあえずInterProScanに配列を入れてみよう。複数のデータベース(Pfam, PRINTS, SMAPR, PRODOM)を横断的に検索してくれるぞ。EMBL-EBI。
- Pfam 配列からのタンパク質のファミリーの検索。マルチドメインでも分かりやすく表示してくれる。モチーフも検索してくれる。Sanger Institute。こちらは古いサイトなので注意。
- PRINTS 蛋白質のファミリー／モチーフの検索
- SMART 菌体外タンパク質のデータベース
- ProDom タンパク質のドメインのデータベース。自動的に作成されている
- CDD Conserved Domain Databaseの略。Pfam, SMAPRTなどを元にしている。NCBI。
２次構造予測
太田 元規先生の記事（蛋白質・核酸・酵素）、および金城 玲先生の記事(蛋白質・核酸・酵素 52, 50-56, 2007)を参考にさせていただきました
データベース・解析サーバ（構造解析）
- BMCD 結晶化のデータベース。現在v 4.01。Biological Macromolecule Crystallization Database
- MPCD 結晶化のデータベース。以前からあったCYCLOPとBMCD (v2.0)を統合したもの。自分で結晶化のデータを登録できる。Marseille Protein Crystallization Databaseの略。
- XtalBase 結晶化のデータベース。結晶化のマネジメントシステム。条件を検索したり結晶化プレートの条件を設定したりできる。
- CRYSTOOL 4.1 結晶化支援ツール。振るべきパラメータ（pH、沈殿剤濃度、塩等）を入れれば、適当な結晶化条件が出てくる。Brent W. Segelkeによる。
- CRYSTALP2 アミノ酸配列から結晶化しやすいかどうかを判定する。CRYSTALP, OB-score, SECRETなどに比べてよい成績を出したとか。でも面倒くさそう？ Lukasz Kurganらによる。
- XtalPred Server 結晶化の予測サーバー。結晶化しやすさが５点満点で表示される。10個までの配列をFASTAフォーマットで投げて一度に結果が見られる。沢山のホモログから結晶化に向いた遺伝子を探すのに便利か。でも信用しすぎないこと！（強調）
- SER: Surface Entropy Reduction Prediction Server 結晶化を阻害している要因の一つである表面のflexibleな親水性残基(Lys, Gluなど)に対して、結晶化しやすくなると予想されるような変異の候補を挙げてくれるサーバー。
- List of Detergents for Membrane Crystallography 膜蛋白質の結晶化用のデタージェントのリスト。Dr. Oliver Sethによる。
- 蛋白質結晶クライオ条件データ検索 宇宙航空研究開発機構(JAXA)の国際宇宙環境利用データベース(ISRDB)提供。
- SERp Server タンパク質表面のエントロピーを下げるのに有効な変異を予測してくれるサーバー。表面にリジンとかがが多そうで困ってる、という時などに是非。
- X-ray Absorption Edges 吸収端。ワシントン大。
- BR's Macromolecular Crystallography Website Dr. Bernhard Ruppによる。以下の他にもたくさんある。
- A Hypertext Book of Crystallographic Space Group Diagrams and Tables 空間群の図表。これさえあれば図書館に行って重いInternational Tablesを開かなくてもよい？ COOL!
- Vm Calculator Rigaku 単結晶構造解析部門が提供する構造解析Tipsの中にある。
- The Merohedral Crystal Twinning Server Todd Yeatesらによる。CCP4のtwinに関するtutorialも参照のこと。
- Heavy Atom Databank 重原子のデータベース。 COOL!
- Heavy Atoms Used for Protein Crystallographic Structure Phasing 実際に「使う」重原子の周期表。Dr. Enrico Sturaによる。
- HATODAS 鳩出す(Heavy-atom Database System)。重原子のデータベース。重原子置換体の調製を手助けするために作られた。Acta Cryst. D61 (9), 1302-1305, 2005.
- Heavy atom derivatives さまざまな重原子について詳しく説明されている。Bart HazesのラボのTutorial
- Periodic Table 周期表（吸収端）
- WebElements 周期表（一般的な情報）
- 元素周期表 日本語。さまざまな情報にリンクされている。イオン半径も分かる。 COOL!
- Periodic table 周期表(一般的な情報)
- Sasaki table (ftp) 異常分散の表
- IRRMC 生体高分子結晶の回折データの公開データベース。Integrated Resource for Reproducibility in Macromolecular Crystallographyの略。HKL2000を作っているマイナーら。
- ScaView Scalepackの出力する.scaと.logから"Table 1"用の統計値を計算して、Wilson-like plotなども描いてくれる。HTML5で書かれており、データは絶対ネット上に流れないのでセキュリティも安心。htmlをダウンロードしてローカルで計算することも可能。Firefox 4、Chrome 5以上推奨。Biokidsのどぶおサン作。 COOL!
- CaspR web上でモデリング、分子置換、refinement（CNS）を全自動でやってくれるそうな。 COOL!
- TLSMD TLS(Translation/Libration/Screw)振動を利用して構造を精密化する場合に用いる。データを送れば、適当なTLSグループに分割して、Refmac5のTLS refinementに使えるinput fileを返してくれるそうな。
- HIC-Up USFのHetero compoundのデータベース。水以外のリガンド／分子等のconnectivity、トポロジー、パラメーター等がある。
- PRODRG Server HIC-UPのように、トポロジー、パラメータファイルを探してくれる。JAVAをONにすればGUIで分子を組める。トップの窓に座標を流し込むだけで.cifファイルとかを作ってくれて超便利。 COOL!
- PURY CSDを元に「ピュアな」パラメータ／トポロジーファイルを作ってくれるらしい。近い将来にCCDCのサイトに移動する予定。
- Sweet2 糖質の3D構造をモデリングして作ってくれる。祝復活！ COOL!
- Cremer-Pople parameter calculator 糖の６員環の歪み(puckering)のパラメータを計算する。私（伏信）が作りました。よろしくご贔屓に。Hi-Hoのサーバーからこの研究室HPと同じ場所に移転してきました（2017年4月)。
- MSD: Ligand Chemistry 低分子のデータベース。
- SEQRES2FASTA PDBのSEQRESレコードからFASTAフォーマットへ変換してくれる。
- pdb2seq PDBファイルから配列を抽出してくれるサーバー。ありそうでなかった便利モノ。精密化の時などに、アミノ酸配列が間違ってないか確認できます。PDBファイルをブラウザのウィンドウにドロップするだけ。データは絶対ネット上に流れないのでセキュリティも安心。HTML5で書かれており、Firefox 3.xやChrome推奨。Biokidsのどぶおサン作。
- PDB-Goodies サーバー上でPDBファイルを修正できる。アミノ酸配列をFASTAで表示したり、特定の部分を抜いたり、残基番号を並べ替えたり、アミノ酸配列組成・分子量・体積などを計算したり。トップページが調子悪い場合には、直接input pageへ。
- MolProbity 構造(X線、NMR両方)のチェックと修正を行ってくれるサーバ。精密化後に是非チェックを。サーバー版だけではなく、オープンソースなプログラムをダウンロードしてローカルで走らせることも可能。
- Quality Control Check 結晶構造のクオリティチェック。MolProbityなど複数のチェックを同時にやってくれる。Joint Center for Structural Genomics (JCSG)が提供。
- RamPage オンラインでRamachandran Plotを描いてくれるサーバー。RAPPERサーバーの中にある。
- Ramachandran Plot 2.0 同じくオンラインで使えるサーバー。インド製。
- SST タンパク質の立体構造(PDBファイル)から二次構造をアサインしてくれるサーバー。Arun S. Konagurthuらによる。
- Super PDBから重ねあわせできるオリゴペプチド断片を探してくれるサーバー。James H. Collier, Arun S. Konagurthuらによる。
- BioSuper 回転対称を使って生体高分子のオリゴマーの重ねあわせを行う。
- Arpeggio タンパク質の構造の中の原子間の相互作用を計算してくれるサーバー。自動でPyMolの.pseファイルを作ってくれる。出て来る画像はゴチャゴチャしているが、網羅的なので相互作用の見落としはなくなるはず。
- Hydrogen Bond Calculation PDBファイルの中の水素結合ペアを計算してくれる、らしい。お茶大の生命情報教育研究センターのサーバーの中から検索で探し出したものです。
- BMC Mol. Biol. public server Sweden, Uppsala大, BMCのサーバー。Molray, Spasm(USF), Dejavu(USF)が使える。仮運用中らしい。
ソフトウェア（リンク集／手引き等）
ソフトウェア（構造解析）
- CCP4 言わずと知れたCCP4。最高としかいいようがない。 COOL!
- CCP4 wiki CCP4のwiki。数は少ないが上質な記事が載っている。読むと知識が増える。書き込むにはKevin Cowtanにアカウントをもらう必要がある。
- CCP4 community wiki CCP4のcommunityのwiki。上のと違って、こちらは誰でも書き込みできる。
- SHELX 元々、低分子も含む、一般的な結晶構造解析のソフト。古株。
- USF Dr. Gerard "DVD" Kleywegtのソフトウェア群。内容豊富。OS XやLinuxの新しいOSに対応したバイナリはここで配布中(by Mark Harris)。 COOL!
- Elves CCP4, mosflm, denzo, solve, shelxといったソフトウェアを「対話的に」使う、「ユーザーフレンドリーなエキスパート・システム」だそうです。James Holtonによる。彼の動画は一見の価値あり。
- CLIMS: Crystallography Laboratory Information Management System ラボで使用する結晶化マネージメントシステム。
- XAct 結晶化支援ソフト。結晶化実験の結果を保存して管理できるらしい。Ditlev Brodersenによる。（サーバー不調？）
- GRIDZILLA 24ウェルや96ウェルの結晶化プレートを作る時に、ストック溶液からどのように分注すれば良いか自動的に計算してくれるソフト。そんなに便利かどうかは不明。トップにゴジラっぽい絵が描いてある。。
- HKL Research Inc. 反射データを処理するソフト、HKL2000（いわゆるDenzo/Scalepack）。Peak Search時に頭に手をやるWladek Minorと、CoolなComputer WizardのZbyszek Otwinowskiの作品。
- DPS/Mosflm/CCP4 反射データを処理するソフト、ディープス&モスフィルム。
- xia2 全自動の反射データ処理ソフト。Pythonで書かれており、主にmosflmを使う。インストール、使い方共に超簡単 。 COOL!
- インストール・使用時の注意点：fedora coreならyumでpythonをupdateし（2.4.3-2.4.4が推奨）、"which python"で古いバージョンのpythonに優先PATHが通ってないかチェック。特に、ccp4mgがインストールした古いpythonにpathが通っていることがあるので要注意。"which pointless-1.1.1.d"でexecutableが見つからなければ、CCP4 prerelease softwareの中からpointlessとothercellをダウンロードしてインストールする (PATHの通った場所にpointless-1.1.1.dとothercellという名前で置く)。.imgファイルのヘッダに書かれているbeam centerの値は間違っている場合があるので、正しい値を.xinfoに書き込む。
- LABELIT Autoindexingのプログラム。ALSで開発されたものだとか。使用には他のソフトウェアパッケージが必要だそうです。
- SHARP/autoSHARP [mirror?] 重原子法で位相を解くのに使うソフト。いい位相がつくとのもっぱらの評判。Global Phasing Limitedによる。
- SOLVE MAD/MIRを全自動で解いてくれる。いいデータさえ入れれば、本当に、びっくりするほど簡単に位相がつく。 COOL!
- PHASER Maximum likelihood法を利用して位相を決定するソフト。現在は分子置換のみ。うちでは、molrepで発見できなかった解（非対称単位に８分子、モデルは同じ蛋白質）を発見することができました。ccp4iやPHENIXのユーザーインターフェースで用いる。
- PHENIX 自動構造決定ソフトウェア。Paul Adamsらによる。PHASER, Solve/Resolve, TEXTALなどのプログラムはPHENIXに統合される。TEXTALは2.8Å分解能でもモデル構築してくれるそうな。 COOL!
- ARCIMBOLDO ab initioでの構造決定。そんなに高分解能じゃなくても、（小さいタンパク質なら？）２Åくらい反射があれば解けるそうだ。論文はこちら。
- SnB 直接法による構造解析ソフト。重原子位置の決定にも使える。70個までのSeが入ってるタンパク質のMAD dataも解けるそうな。
- Sir2004 直接法とパターソン法による、小さい／中くらいの分子量のタンパク質の構造決定に使えるソフト。分子量３万くらいまではいけるらしい。(Acta Cryst. (2006). D62, 165-176) Sir2002の発展版。CNR-IC
- EPMR tutorial 遺伝的アルゴリズムを使って分子置換を計算するプログラム。時間はすごくかかるがスクリプトを作って連続で走らせることができるのは便利。Phaserとどっちが良いかは不明。Charles R. Kissingerによる。古いマニュアルに書かれている彼のメールアドレス（agouron.com）は現在使えないので注意。TutorialはUCLAのMichael R. Sawayaによる。
- モンテカルロ探索法による６次元分子置換プログラム 阪大蛋白研の吉村政人さんにより開発中のプログラム。複数のCPUを使って回転・並進を一度にサーチするそうです。（リンク切れ？）
- BALBES 全自動の分子置換ソフトウェア。アミノ酸配列とmtz（またはcif）を入れると、類似構造やドメインを探して分子置換をやってくれるらしい。使い方は非常に簡単でヒューマンエラーが減る。ただし、データベースをローカルに保存するため、ディスクスペースを結構喰うので注意。LinuxとMacOS、ccp4iで使える。 COOL!
- MrBUMP 全自動の分子置換ソフトウェア。複数のプログラムを繋ぐパイプラインとして動く。BALBESと同様に、自動でサーチモデルを探して計算してくれるらしい。ミスター・バンプ、とでも読むのでしょうか。
- Morda 分子置換のパイプライン。BALBESやMrBUMPと同様に、PDBデータベースからモデルを作る。データベースの作成に少しひねりがあるっぽい。MOLREPの開発者であるAlexey Vaginら。BioMEX Solutions。
- ARP/wARP MIR、モデル構築、精密化。モデル構築が自動化されてる、とか。いいマップさえあれば、チェイントレースする必要なし。バージョン６はCCP4iで使う。 COOL!
- Lafire 自動構造精密化ソフト。北大・田中勲研の姚閔(Yao Min)先生による。
- RAPPER 自動モデル構築。応用範囲は広く、Ｘ線データやNMRデータに基づくモデル構築、比較（ホモロジー？）モデリング、ab initioの構造予測、構造評価などに使えるそうな。Crystallographerとしては、中程度の分解能でも自動的なモデル構築ができる点が魅力的か？ LinuxやMacOS用のバイナリだけでなく、webインターフェースのサーバーも用意されている。Marc DePristo, Paul de Bakkerらによる。
- MAID 自動モデル構築ソフト。2.9Åまでの反射なら、resolveよりちょっとだけ成績がいいらしい (Acta Cryst. (2003). D59, 823-827.)。もっと低分解能(3.5-4Å)でも、部分的にαヘリックスの場所だけ構築できたことがあるそうです。繋ぎは悪かったそうですが、分子置換のモデルには使えたとか。
- CAPRA 自動的にCαを組んでくれるアルゴリズムがThomas R. Ioergerらによって開発されている。ソフトウェアはまだみたい。
- Buccaneer 自動Cαトレースプログラム。良い位相がついていれば低分解能でもトレース可能らしい。BUild Connected C-Alphas, Nautical Excuse for Eponym Requiredの略:-)。Kevin Cowtanによる。
- MIFit XtalView/xfitの作者のDuncan McReeが書いた新しい分子モデリングソフト(XtalView/xfitはサポートされなくなりました)。Windowsで安定に動作するらしい。Academic and non-commercial usersに対してはfree。現在はオープンソースになっています。Rigaku Americas Corporationの製品。 COOL!
- O 素晴らしい機能を誇るモデル構築ソフト "O" 。Alwyn Jonesのサイトから行くべし。 COOL!
- Coot CCP4 (Refmac5)との相性が抜群によく、初心者にも使いやすいモデル修正・構築ソフト。RS Refine Zoneをしたときに、ドラッグした部分がグイッと電子密度に入っていく所を見ると感動する。CCP4 ver 6.0以降は一緒にインストールされる。Paul Emsleyによる。 COOL!
- Privateer タンパク質結晶構造中に糖鎖が見つかった時に頼りになるツール。Jon Agirre & Kevin Cowtanによる。
- MAIN 初期位相が出てから最終構造を出すまでの作業（分子表示、density modification、精密化、構造の評価）をやってくれる新しいソフト。
- CNS Axel T. BrungerによるSimulated Annealing法を用いた精密化プログラム。分子置換もできる。旧名X-plor。2007年に久しぶりにバージョンアップ、1.2になりました。Bulk solvent correctionの手法が変わって低分解能の構造の精密化が改良されているらしいです。 COOL!
- BUSTER-TNT [mirror?] 精密化プログラム。部分的な構造しか見えてなくても威力を発揮するそうです。Global Phasing Limitedによる。
- Pirate 新しい統計学手法により位相を精密化するプログラム。Phase Improvement Requires Another Tenuous Eponymの略 :-)。dmの作者として有名なKevin Cowtanによる。
- EDEN "Holographic Method"により、位相を解くプログラム。a pripriな実空間の情報を元にして計算する...んだとか。結晶中の一部の構造が分かってる時に残りの部分を計算する時に威力を発揮するそうな。
- PROMOTIF 構造の評価。
- PARVATI 非等方性温度因子(anisotropic temperature factor)を入れて精密化した構造を評価してくれる。全ての原子の非等方性をプロットして、PDBの中の構造の分布と比べる。Protein Anisotropic Refinement Validation and Analysis Toolの略（インド神話の女神の名前にするために最後にIを無理矢理つけた？）。 Biomolecular Structure Center at UWのEthan A Merrittによる。
- DSSP 二次構造のアサイン。DSSPの出力を整形するawkスクリプトはこちら（まだバグあり？）。
- dssp2pdb DSSPの出力をpdbファイルのHELIX/SHEET行に変換する。James Stroudによる。
- STRAP 配列と構造のマルチプルアラインメントを行う。
- MUSTANG 立体構造のマルチプルアラインメントをやってくれるソフトウェア。以前あったサーバー版はなくなった? Arun S. Konagurthuらによる。
- ProFit タンパク質構造の最小二乗法による重ね合わせ（フィッティング）をするソフト。Dr. Andrew C.R. Martinによる。
- Guogang Lu CCP4に含まれている便利なツールのうち多くを彼が作っている。
- SURFNET 分子の表面と空隙(void regions)の解析をしてくれる。Dr. Roman A. Lakowskiによる。
- Surface Racer 分子表面に関する解析をしてくれるソフト。Accessible surface area, molecular surface area、分子表面の平均curvatureを計算してくれる。(リンク切れ？)
- PSAIA 蛋白質の複合体の相互作用の解析を、複数のアルゴリズムでいっぺんに行うソフト。Windows版とLinux版がある。
- HBPLUS 水素結合に関する計算をしてくれるソフト。以前使えてたサイトがリンク切れしたらしいので、検索して今でも使えそうなところにリンク貼ってます。元はI.K. McDonaldとJ.M. Thorntonが作り1994年にJMBに発表したものらしいです。EBIのページによれば個人的にコンタクトしたらダウンロードで取れるらしいです。ドキュメントはこちらにあります。
- PDB Editor PDBファイルを編集するための専用エディター。Javaで書かれている。結構便利かも。J. LeeとS.-H. Kimによる。説明はこちら。
ソフトウェア（分子表示）
- RasMol PDBの表示。元々Roger Sayleによって開発された。現在はHerbert J. Bernsteinが開発している。オープンソースのOpenRasMolも。 COOL!
- Swiss-PdbViewer PDBの表示。ExPASyの中にある。GlaxoSmithKline R&D Geneva提供。
- PDBtool PDBを表示したり、いろいろ解析してくれる。Calton Pu, Phil Bourne, John Biggsの３名による。
- CueMol [日本語] [新ドメイン] PDBの表示。旧名Que。Windowsベースで操作が簡単。CCP4やCNSのマップファイルも表示可能。将来はOやxfitのようにモデル構築にも使えるようになるとか。 作者は石谷さん。 COOL!
- MolScript PDBの表示。PostScriptファイルにしてくれる。Raster3D用の出力も吐いてくれる。Per Kraulisによる。
- Povscript+ Molscriptの改良版と、そのPovrayへのpatchであるpovscript (Dan Peisach作)についての記述。Tim Fennによる。MolscriptとPOVrayのrpmファイルも置いてある。
- Bobscript molscriptの改良版。作者のRobert Esnoufにメールを送ってゲットする。
- Raster3D レンダリング。MolScriptに対応。多くの人々が開発している。
- SPOCK ホームページを見る限り、何でも表示できるみたい。しかもGUIで使いやすい。 Jon A. Christopherによる。
- NOC リボンモデルなどの分子表示だけでなく、電子密度マップの表示、model building（側鎖の自動fitも）、分子表面+電荷ポテンシャルの描画もできるらしい。GUIが使いやすそう。今のところWindows版だけらしい。URLが変更になったので注意。中国製。
- PyMOL Windows, MacOS, Linux版がある。DeLano Scientificによる。
- ProteinShader Javaで書かれているのでプラットフォームによらない。YouTubeで検索すると動画が見られる。PyMOLの次はコレ？ ただ、Java 1.5とOpenGL 2.0が必要（PPC Macは無理っぽい。。。）
- Jmol ブラウザ上でJavaを使って分子表示するソフト。オープンソースでフリーなのでChimeの代わりに。DeLano Scientificによる。
- iMol 我らがMacOS X用の分子表示プログラム。何となくかっこいい。
- Chimera 分子表示。電子密度マップ、分子表面も簡単に描けるらしい。UCSF Midas / Midas Plusの後継ソフト。UCSF Computer Graphics Laboratory (CGL)による。
- QuteMol 分子表示。その名の通り、キュートな分子が描ける。wwPDBのMocule of the Monthのような絵が描ける、と言えばお分かりか。
- DS ViewerPro 分子表示。accelry社による。昔Freeで配付されていたWebLab Viewer Liteというのが使いやすくてよかったんですが。。。
- MolRay Oのplot fileをレンダリングしてくれるらしい。O version7 のみ対応。その正体は、POV-rayのWebインターフェイスだとか。
- POV-ray レンダリング。インストールが結構難しいが、対応機種/OSは幅広い。
- DINO PDB/分子表面の表示。Ansgar Philippsenによる。分子表面は、MSMS等で作る。MacOS X版も開発中！
- GRASP PDB/分子表面の表示。簡単な静電ポテンシャルも計算してくれる。Honig Labによる。
- MDL Chime ブラウザのプラグインとして動く分子表示プログラム。MDL社。PDBで公式に採用されているが、残念ながらMacOS Xのバージョンはない。MacOS X + IEの人は、PDBbetaからWebMol Appletを使いましょう。
- MolView Macintosh用分子表示ソフト。残念ながらOS Xには対応していない(classic専用)。Tom Smithによる。
- SETOR PDBの表示。Stephen V. Evansによる。
- RIBBONS PDBの表示。Michael Carsonによる。
- MOLMOL PDBの表示。NMR対応。Reto Koradiらによる。
- MolFeat PDBの表示。フィアラックスより販売されている。
- MOLPACK 分子のパッキングを可視化。
- PREPI PDBの表示。UKのDr. SternBergの研究室。こちらは前のサーバ?
- Prot GIF PDFファイルを送れば回転するムービーを作ってくれるサーバー。Prof. Dr. Walter Filgueira de Azevedo Jr.のラボ。
- PDB2MultiGIF PDBファイルから、回転するムービーを作ってくれるサーバー。Rasmol2を使っている。正直、クオリティに関しては。。。だが、簡単なのがいい。携帯の待ち受け画面を作るのには最適？
- LIGPLOT 蛋白質とリガンドの相互作用をプロットしてくれる。Dr. Roman A. Lakowskiによる。 COOL!
- NUCPLOT 蛋白質と核酸の相互作用をプロットしてくれる。Dr. Roman A. Lakowskiによる。 COOL!
- TOPS [移動先(予定?)] 蛋白質のトポロジー図を描いてくれるらしい。新規フォールドを解いた素敵なあなたに。Flores, Moss, Thorntonらによる。 COOL!
- TopDraw 蛋白質のトポロジー図を描いてくれるソフト。他のソフト(PROMOTIF)の出力するトポロジーファイルが必要ですが。
- ESPript 一次配列のファイル（FASTA,ALN,PDB等）と二次構造のファイル（PDB,DSSP等）を入力すると、それらを重ね合わせた図を作ってくれる。自分のコンピュータにインストールすることもできるが、web経由で使う方が簡単。Patrice Gouet, Frederic Metozらによる。 COOL!
- SecSeq 二次構造＆配列アラインメント表示ソフト。ESPriptほど機能は多くなさそうだが、２次構造の表示の仕方にセンスを感じるぜ。Ditlev Brodersenによる。
- SEQUOIA 「構造の」アラインメントだけでなく、「アミノ酸配列の」アラインメントもやってくれるソフト。
- Indonesia 構造を考慮して配列のアラインメントをするソフト。アミノ酸配列は事前にclustal等でalignしておかないといけない。Java2で書かれている。GUI。
- Stralign 構造アラインメントソフト。阿久津 達也先生により開発された。
- JOY 構造アラインメントソフト。Kenji Mizuguchiらによる。側鎖が主鎖のアミドに水素結合していて、構造の安定性に関わっている残基は太字で表示されるとか。
- Evolutionary Trace Server これもある程度構造をベースにした配列アラインメントをしてくれるらしい。
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- APBS Poisson Bolzmann式を解いて分子の静電ポテンシャルを計算するソフト。同じウェブサイトにあるPDP2PQRや、PROPKAを使って、PyMolやPOVSCRIPT+で表示することができる。
- DelPhi 同じくPoisson-Bolzmann solver。APBSやMEADより速いらしいがちと高い。Barry Honigらのラボ。Pymolを使って計算する方法はこちら。UCSF Chimeraで使うこともできる。
- MEAD 同じくPoisson Bolzmann solver。BashfordらのグループのHPからダウンロードできる。
ソフトウェア（その他）
- Accelrys Software for pharmaceutical and chemical research. 旧MSI社。
- AMBER Molecular Dynamics, エネルギー精密化等。
- 3D-Dock Suite FTDock, RPScore, MultiDockなどのドッキングソフト。UKのDr. SternBergの研究室。SternBergが移る前のサーバも残ってる?
放射光施設関連
学会・グループ等
研究室
その他