リンク集 - 更新履歴 (What's new)

リンク集

• 2019.10.18 Illustrate David S. Goodsell先生のイラスト風のタンパク質構造の図を作ってくれるサイト。 COOL!
• 2019.5.13 SALIGN 配列/構造アラインメントを行うサーバー。MODELLERのモジュールの一つ。タンパク質のアミノ酸配列と立体構造のいくつかの特徴を利用して並べてくれる、そうだ。
• 2019.4.18 HBPLUS 水素結合に関する計算をしてくれるソフト。以前使えてたサイトがリンク切れしたらしいので、検索して今でも使えそうなところにリンク貼ってます。元はI.K. McDonaldとJ.M. Thorntonが作り1994年にJMBに発表したものらしいです。EBIのページによれば個人的にコンタクトしたらダウンロードで取れるらしいです。ドキュメントはこちらにあります。
• 2019.4.18 Hydrogen Bond Calculation PDBファイルの中の水素結合ペアを計算してくれる、らしい。お茶大の生命情報教育研究センターのサーバーの中から検索で探し出したものです。
• 2018.9.19 UniLectin3D レクチンの立体構造のデータベース。糖に結合するドメインに基づいてファミリー分類されている。
• 2018.9.16 ExplorEnz 酵素のデータベース。IUBMBのオフィシャル。COOL!
• 2018.5.23 Protocol Online Biochemistry, Microbiology, Molecuar Biologyなど様々な分野のプロトコルへのリンク集。なんかトップページが昔のYahoo!みたいで懐かしいぞ。
• 2018.5.23 bio-protocol 自称、草の根プロトコル雑誌。2011年創刊。
• 2018.5.23 Protein Expression and Purification Core Facility 遺伝子クローニングからタンパク質の発現、精製までの情報が詰まっている。プロトコルもある。例えば、大腸菌で異種タンパク質を発現してる人は、左の柱からProtein Expression/E. coliを選んで一読するだけで一気に多くの知識が得られると思うぞ。EMBLのコアファシリティ。
• 2017.4.29 IRRMC 生体高分子結晶の回折データの公開データベース。Integrated Resource for Reproducibility in Macromolecular Crystallographyの略。HKL2000を作っているマイナーら。
• 2017.1.26 Arpeggio タンパク質の構造の中の原子間の相互作用を計算してくれるサーバー。自動でPyMolの.pseファイルを作ってくれる。出て来る画像はゴチャゴチャしているが、網羅的なので相互作用の見落としはなくなるはず。2017.1.13 Privateer タンパク質結晶構造中に糖鎖が見つかった時に頼りになるツール。Jon Agirre & Kevin Cowtanによる。
• 2016.6.27 J-GLOBAL 科学技術総合リンクセンター by JST。
• 2016.6.27 ORCiD 研究者に割り振る識別IDからなるデータベース。各種の雑誌が採用してデファクトスタンダードになりつつある？
• 2016.6.27 Scopus 抄録・引用文献データベース by Elsevier。
• 2016.6.27 Publons 査読活動の評価システムの構築を目指して作られた。査読ばっかりしてて誰にも何も言えないのは悲しいぞ、という人はここに登録して自分が査読した論文を登録しまくればよいのでは。一応Natureにも取り上げられている（doi:10.1038/nature.2014.16102）
• 2016.5.19 KEK-IMSS-PF 構造生物学研究センター PX-UG リンクの整理
• 2015.8.17 Morda 分子置換のパイプライン。BALBESやMrBUMPと同様に、PDBデータベースからモデルを作る。データベースの作成に少しひねりがあるっぽい。MOLREPの開発者であるAlexey Vaginら。BioMEX Solutions。
• 2014.11.12 Protein Structure Laboratory Michigan State Univ.のLeslie Kuhnのラボ。
  • Consolv タンパク質の表面に結合した水の保存性を調べる。
  • WatCH 一連のタンパク質構造から、保存された水の結合サイトを探す。
  • ProFlex タンパク質の構造から動きやすい領域を予測。旧称FIRST。
  • ROCK タンパク質の構造のうち、動きやすい部分が、どのようなコンフォメーションをとるか［ランダム・ウォーク」方式で探す。"Rigidity Optimized Conformational Kinetics"の略。
  • Sequery PDBの中から、特定のアミノ酸配列のパターンを探す。
  • SSA ペプチドの座標（立体構造）から二次構造をアサインする。４残基のペプチドで計算する。普通はSequeryと一緒に使う。
  • SLIDE タンパク質の特定のサイトに結合する有機化合物やペプチドのデータベースをスクリーニング。、"Screening for Ligands by Induced-fit Docking, Efficiently"の略。
  • StoneHinge ヒンジの予測。
• 2014.10.22 QuteMol 分子表示。その名の通り、キュートな分子が描ける。wwPDBのMocule of the Monthのような絵が描ける、と言えばお分かりか。
• 2014.10.1 Nanoniele 化学略語と科学技術の略語の一覧＆検索サイト。牧岡良和さん。 COOL!
• 2014.5.14 Helix I/O DNAの塩基配列を入力するとすぐに何の生き物かを検索して表示する。DNAシーケンスでコンタミっぽい結果がでたらかけてみるといいでしょう。Nick GreenfieldとNik Krummによる。 COOL!
• 2014.4.18 CheckMyMetal: Metal Binding Site Validation Server 蛋白質中の金属配位サイトをチェックできるサーバー。 COOL!
• 2013.12.14 BioSuper 回転対称を使って生体高分子のオリゴマーの重ねあわせを行う。
• 2013.10.21 NIST Chemistry WebBook 化合物に関する情報を、化学式などから検索可能。ワイルドカードも使える。米国NIST。
• 2013.7.30 A Hypertext Book of Crystallographic Space Group Diagrams and Tables 空間群の図表。これさえあれば図書館に行って重いInternational Tablesを開かなくてもよい？ COOL!
• 2013.7.8 その他、国内の生命科学系データベースサイトをいくつか更新しました（リンク集・ポータルサイト等(生命科学一般)）。間違いなどあったら知らせて下さい。
• 2013.7.8 integbio.jp 生命科学系データベース統合のための合同ポータルサイト。NDBC（文科省）、NIBIO（厚労省）、AgriTOGO（農水省）、MEDALS（経産省）の４機関のデータベース統合を目指す。 COOL!
• 2013.6.18 PrDOS Disorder予測サイト。
• 2013.6.18 ZDOCK Server タンパク質-タンパク質ドッキングをやってくれるサーバー。対称性を持ったマルチマーのドッキングをするM-ZDOCKもある。
• 2013.6.18 ModWeb 立体構造予測（ホモロジーモデリング）をしてくれるサーバ。Restraint-based。
• 2013.4.4 MESPEUS 蛋白質中の金属配位サイトの検索ができるデータベース。
• 2013.3.11 Sagace 国内の医学／生命科学データと生物資源を「さがす」、各種データベースの横断検索サービス。
• 2013.2.25 NetNGlyc　N-リンク糖鎖のサイトをAsn-Xaa-Ser/Thrシークオンの中から予測するサーバー（ヒトのタンパク質であると仮定して）。
• 2013.2.8 HHpred ホモロジーモデリングをしてくれる。MODELLER keyが必要だったり何段階か必要だが、基本的にはautomaticで、よく似てる構造がなくてもなんとかモデルを組めるようだ。玄人筋の評価が高いらしい。旧名HMMpred。Max Planck InstituteのBioinformatic Toolkitの中にある。
• 2013.1.22 Super PDBから重ねあわせできるオリゴペプチド断片を探してくれるサーバー。James H. Collier, Arun S. Konagurthuらによる。
• 2013.1.22 SST タンパク質の立体構造(PDBファイル)から二次構造をアサインしてくれるサーバー。Arun S. Konagurthuらによる。
• 2012.12.5 JCGGDB　日本の糖鎖科学に関するデータベースの全てを統合する最強のポータルサイト。 COOL!
• 2012.11.29 Database of Macromolecular Movements (molmovedb.org)　生体分子の動きのデータベース。Morph ServerやHInge Analysisなど、使えるサービスが沢山。 COOL!
• 2012.10.31 Anomalous Scattering Coefficients 色んな原子のf'とf''を簡単にプロットしてくれる。大学院生諸君の研究発表資料に使えるぞ！Ethan A Merrittによる COOL!
• 2012.10.15 研究.net 企業の研究開発情報を掲載。研究イラスト素材が使える。
• 2012.10.15 統合TV 生命科学分野の有用なデータベースやウェブツールの活用法を動画で紹介する 。twitterのアカウント@togotvもあるよ！
• 2012.6.1 ChemDoodle 同じくChemDraw系ソフト。
• 2012.6.1 ACD/ChemSketch 同じくChemDraw系ソフト。
• 2012.6.1 BKChem 同じくChemDrawのような2-D 化学構造描画ソフト。GNU/Linux, WInXP, MacOS。
• 2012.6.1 XDrawChem X Window 環境で動く、ChemDrawのような2-D 化学構造描画ソフト。オープンソース。 Windows、Unix、Mac OSで利用可能。
• 2012.3.26 MEROPS プロテアーゼ・ペプチダーゼ（およびそのタンパク質性阻害剤）のデータベース。ファミリー分類もしっかりしている定番サイトらしいです。 COOL!
• 2012.1.4 ScaView Scalepackの出力する.scaと.logから"Table 1"用の統計値を計算して、Wilson-like plotなども描いてくれる。HTML5で書かれており、データは絶対ネット上に流れないのでセキュリティも安心。htmlをダウンロードしてローカルで計算することも可能。Firefox 4、Chrome 5以上推奨。Biokidsのどぶおサン作。 COOL!
• 2011.12.22 pdb2seq PDBファイルから配列を抽出してくれるサーバー。ありそうでなかった便利モノ。精密化の時などに、アミノ酸配列が間違ってないか確認できます。PDBファイルをブラウザのウィンドウにドロップするだけ。データは絶対ネット上に流れないのでセキュリティも安心。HTML5で書かれており、Firefox 3.xやChrome推奨。Biokidsのどぶおサン作。
• 2011.11.24 ApE A plasmid Editorの略。Windows版とMac版があって使いやすいらしい。 COOL!
• 2011.11.15 Enzyme Function Initiative EFIはゲノムプロジェクトで見つかった未知の酵素のin vitro/in vivoの両面における機能を発見するのを助けるための、配列と構造を元にした確かな戦略を開発している（直訳）。
• 2011.10.6 glycoSCIENCES.de　糖鎖に関する最強ポータルサイト。糖鎖のデータベースやモデリング（例えばSweet2）、各種ツール（例えばPDBの糖鎖構造をチェックしてくれるpdb-care/pdb2linucs/CARP）など。Willi von der Liethの死去により一時休止していたが2010年に復活。 COOL!
• 2011.9.5 BFrontier Androidで使える各種アプリを開発中。ゲル電気泳動の距離測定ツールとか、コロニーカウンターはかなり使えそうだ。
• 2011.9.2 「分子の形と性質」学習帳 P450データ集や糖タンパク質データ集など、役に立つ情報が立体構造とともに沢山ある。新潟県立大学の本間善夫教授の生活環境化学の部屋の中。COOL!
• 2011.8.29 Normality & Molarity Calculator for Acid and Base Solution Preparation 酸とか塩基の溶液を調整する時に便利な、規定度やモル濃度を計算してくれるところ。Sigma-Aldrich。
• 2011.8.12 Quality Control Check 結晶構造のクオリティチェック。MolProbityなど複数のチェックを同時にやってくれる。Joint Center for Structural Genomics (JCSG)が提供。
• 2011.8.10 X-ray Anomalous Scattering 異常分散について詳しい説明や表などがあってとっても便利。
• 2011.7.5 MEGA DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのソフトウェア。Win, Mac, Linux版がある。Molecular Evolutionary Genetics Analysisの略。 田村浩一郎先生による。 COOL!
• 2011.6.28 Togo picture gallery 通称togopic。実験器具などの画像が置いてある。リクエストも受け付けている。
• 2011.6.27 bab.la ドイツ拠点の多言語ポータルサイト。英和・和英をはじめ１６ヶ国語のオンライン辞書、言語学習のポータルサイト。多言語での例文集もある。
• 2011.6.20 ARCIMBOLDO ab initioでの構造決定。そんなに高分解能じゃなくても、（小さいタンパク質なら？）２Åくらい反射があれば解けるそうだ。論文はこちら。
• 2011.5.23 Resources for Biomolecular Research リンク集
• 2011.5.6 FACULTY of 1000 発表済みの論文に世界中の研究者達がコメントを付けて採点している。
• 2011.3.2 生命科学教育用画像集 画像・動画ファイルなどがたんまりある。東京大学 生命科学構造化センター／生命科学ネットワークにより運営・管理されている。
• 2010.12.21 Weblio辞書 複数の辞書や用語集を一度に検索できる。ウェブリオ株式会社による。
• 2010.11.10 Superfamily 全ての蛋白質とゲノムをSCOPのsuperfamilyのレベルでアノテートしたデータベース。サーチ／ブラウズの機能が豊富で使いやすそう。
• 2010.10.25 SSBOND タンパク質に新たにSS結合を導入するにはどの残基ペアを変異させればよいか？この答えに答えてくれるサーバー。Fortran77で書いたプログラムもあります。
• 2010.10.8 SEQRES2FASTA PDBのSEQRESレコードからFASTAフォーマットへ変換してくれる。
• 2010.10.8 PDB-Goodies サーバー上でPDBファイルを修正できる。アミノ酸配列をFASTAで表示したり、特定の部分を抜いたり、残基番号を並べ替えたり、アミノ酸配列組成・分子量・体積などを計算したり。トップページが調子悪い場合には、直接input pageへ。
• 2010.9.27 DIAM バイオセイフティのデータベース。遺伝子組み換え技術と微生物の安全性に関する情報を網羅。
• 2010.9.27 ESPRESSO アミノ酸配列から蛋白質の発現と可溶化を予測。EStimation of PRotein ExpreSsion and SOlubilityの略。産総研CBRCの廣瀬修一先生による。
• 2010.9.13 BoxShade アミノ酸配列のアラインメントを美しく整形。二次構造を盛り込まないのであれば、ESPriptより使いやすい？
• 2010.9.10 バイオインパクトカタログ検索 こちらは試薬だけでなく機器も検索できるそうです。 COOL!
• 2010.9.1 ライフサイエンス新着論文レビュー トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について，論文の著者自身の執筆による日本語のレビュー 統合データベースプロジェクト(LSDB)による。twitterのアカウント@first_authorもあるよ！ COOL!
• 2010.8.27 PSI Structural Genomics Knowledgebase トップページにあるサーチで色んなことが分かる。Protein Structure Initiative (PSI)とNature Publishing Groupによる。
• 2010.8.16 Cofactor 補酵素と反応機構に関するデータベース。MACiEと連動。ThorntonらのグループによってEMBL-EBIで運営されている。
• 2010.7.21 Protein Expression and Purification Flowchart タンパク質の発現と精製の指南ページ。フローチャート式になっている。例えば、大腸菌の発現で困っている人は、左の柱からExpression/E. coliを選ぶと様々な示唆が得られるであろう。
• 2010.5.31 SER: Surface Entropy Reduction Prediction Server 結晶化を阻害している要因の一つである表面のflexibleな親水性残基(Lys, Gluなど)に対して、結晶化しやすくなると予想されるような変異の候補を挙げてくれるサーバー。
• 2010.5.13 DisProt 蛋白質のdisorderに関するデータベース。Disorderの予測サーバーのリンク集が秀逸。
• 2010.5.13 GLOPBPLOT Disorder、ドメイン、Globularityの予測サーバー。
• 2010.5.13 XtalPred Server 結晶化の予測サーバー。結晶化しやすさが５点満点で表示される。10個までの配列をFASTAフォーマットで投げて一度に結果が見られる。沢山のホモログから結晶化に向いた遺伝子を探すのに便利か。でも信用しすぎないこと！（強調）
• 2010.4.30 Biobar ブラウザにインストールするツールバー。主要な生物学データベースにすばやくアクセス可能。でも、Firefoxのみ。。
• 2010.4.15 eBioinformatics eBioTools(300以上のオープンソースのバイオインフォのプログラムの集合体)とeBioX(そのGUI)。For Mac OS X。COOL!
• 2010.4.15 XPlasMap DNAマッピングプログラム for Mac OS X。
• 2010.1.15 REFOLD Inclusion body(封入体)になったタンパク質の巻き戻し(refolding/リフォールディング)に関するデータベース。ヘルプが分かりやすい。簡単なガイド(PDF)も置いてある。
• 2010.1.15 dssp2pdb DSSPの出力をpdbファイルのHELIX/SHEET行に変換する。James Stroudによる。
• 2010.1.5 Cremer-Pople parameter calculator 糖の６員環の歪み(puckering)のパラメータを計算する。私（伏信）が作りました。よろしくご贔屓に。URLが当初のinfoseekからhi-hoに変更になっているのでご注意を。
• 2009.12.22 SPASM Server PDBデータベースの中から、似た構造モチーフを探す。USFのSPASMのサーバー版。
• 2009.12.14 PARVATI 非等方性温度因子(anisotropic temperature factor)を入れて精密化した構造を評価してくれる。全ての原子の非等方性をプロットして、PDBの中の構造の分布と比べる。Protein Anisotropic Refinement Validation and Analysis Toolの略（インド神話の女神の名前にするために最後にIを無理矢理つけた？）。 Biomolecular Structure Center at UWのEthan A Merrittによる。
• 2009.14.14 TARDIS 各種の結晶構造を解くのに使った生データ（反射イメージ）が置いてあるサーバー。
• 2009.11.24 P212121 名前のセンスが抜群．現在はオハイオにいるSean Seaverのブログ． COOL!
• 2009.9.24 GRIDZILLA 24ウェルや96ウェルの結晶化プレートを作る時に、ストック溶液からどのように分注すれば良いか自動的に計算してくれるソフト。そんなに便利かどうかは不明。トップにゴジラっぽい絵が描いてある。。
• 2009.8.17 TCBRP タンパク質の結合サイトの残基を計算するツール。A Tool for Calculating Binding-site Residues on Proteinsの略。Dr. Changhui Yanのグループによる。
• 2009.8.17 CRYSTALP2 アミノ酸配列から結晶化しやすいかどうかを判定する。CRYSTALP, OB-score, SECRETなどに比べてよい成績を出したとか。でも面倒くさそう？ Lukasz Kurganらによる。
• 2009.7.29 Kerlsberg+ pKaの予測。DemirとKieseritzkyによる。
• 2009.7.2 MolFeat PDBの表示。フィアラックスより販売されている。
• 2009.7.2 MACiE 酵素の反応機構とそれに関わる残基のデータベース。Mechanism, Annotation and Classification in Enzymesの略。
• 2009.6.16 SCOPPI ドメイン間相互作用のデータベース。SCOPのドメイン定義に従って行う。Structural Classification of Protein-Protein Interfacesの略。すこっぴ。
• 2009.6.11 SERp Server タンパク質表面のエントロピーを下げるのに有効な変異を予測してくれるサーバー。表面にリジンとかがが多そうで困ってる、という時などに是非。
• 2009.5.21 Sir2004 直接法とパターソン法による、小さい／中くらいの分子量のタンパク質の構造決定に使えるソフト。分子量３万くらいまではいけるらしい。(Acta Cryst. (2006). D62, 165-176)　Sir2002の発展版。CNR-IC
• 2009.5.4 CSLS Search PubMedの検索結果をクラスタリングしたり，ブックマークしたり，専門用語の日本語表示を行うことができる。東大が契約している雑誌は直接閲覧が可能。COOL!
• 2009.4.7 Heavy atom derivatives さまざまな重原子について詳しく説明されている。Bart HazesのラボのTutorial
• 2009.4.2 ProteinShader Javaで書かれているのでプラットフォームによらない。YouTubeで検索すると動画が見られる。PyMOLの次はコレ？　ただ、Java 1.5とOpenGL 2.0が必要（PPC Macは無理っぽい。。。）
• 2009.4.1 Xtals.org 結晶構造解析に関するプロトコルがある。ヨウ素化、Se-Metタンパクの発現、クライオプロテクションなど。Artem Evdokimovによる。
• 2009.3.23 PDB Editor PDBファイルを編集するための専用エディター。Javaで書かれている。結構便利かも。J. LeeとS.-H. Kimによる。説明はこちら。
• 2009.2.2 DNA解析ソフトを一括追加
  • Vector NTI DNA解析統合ソフトウェア。Invitrogen。
  • pDRAW32 DNAクローニング、配列解析、プラスミド／DNA描画ソフト。フリーウェア。Windows用。
  • DNA Strider DNA配列解析ソフト。MacOS用。公式サイトはありませんが。。探すと入手できるかも。
  • PlasmaDNA DNA解析／編集ソフト。フリーウェア。Windows版とMac OS版あり。ヘルシンキ大のDr. Alexandre Angers-Loustauによる。
  • GENtle DNAとアミノ酸配列の編集、データベース管理、プラスミドマップ描画、制限酵素処理とライゲーション、アラインメント、計算、ゲルイメージの表示、PCRなどの機能を持つフリーウェア。Windows, Mac OS, Linux版あり。
  • Geneious DNA解析統合ソフトウェア。Mac OS用。
  • ApE A Plamid Editor。Windos, Mac OS, Linux版あり。
  • EnzymeX DNA配列解析ソフト。Mac OS用。
  • MacVector DNA配列解析ソフト。Mac OS用。日本での販売およびサポートはセレスバイオサイエンス社による。
  • Lasergene DNA解析ソフトウェア。Windows版とMac OS版あり。DNASTAR社による。
  • BioEdit DNA解析ソフト。Windows用。
  • Staden Package DNA配列解析ソフト。Windos, Mac OS, Linux版あり。
• 2008.12.30 LSDB ライフサイエンスの統合データベース。和製NCBIとでも言うべき、各種のデータベースがカタログされており、横断検索できる。さらに、文献検索もできる。目玉は、蛋白質核酸酵素の全文検索！　ライフサイエンス統合データベースセンターによる。COOL!
• 2008.12.8 HOMA HOmology Modeling Automaticlly。自分のPDBファイルを元にホモロジーモデリングをするには最適のサーバー。結果のエネルギー最小化までやってくれる。 COOL!
• 2008.10.28 Fungal Cytochrome P450 database カビのP450のデータベース。
• 2008.10.21 PURY CSDを元に「ピュアな」パラメータ／トポロジーファイルを作ってくれるらしい。近い将来にCCDCのサイトに移動する予定。
• 2008.9.11 RamPage オンラインでRamachandran Plotを描いてくれるサーバー。RAPPERサーバーの中にある。
• 2008.9.11 Ramachandran Plot 2.0 同じくオンラインで使えるサーバー。インド製。
• 2008.9.8 BioWiki プログラムのインストール方法や使い方などを中心に、Tipsや資料などを集めているwikiサイト。どぶおさんとくにをさんが頑張って更新中。 COOL!
• 2008.8.18 Bacterial Carbohydrate Structure DataBase (BCSDB) バクテリアの糖鎖構造のデータベース
• 2008.8.15 科学論文に役立つ英語 努力と継続により「科学（論文）英語」を会得した先達が惜しげも無く秘訣を披露。簡潔にしてポイントを押さえた文章は科学者ならでは。同じく科学論文を書く者として、具体的なエピソードが身に染みる。口語ではあまり使わないが科学論文では頻出する品詞のリストや、関係代名詞・分詞構文などの文法の解説は超便利。リンク集も覗いてみて。東北大金属材料研の大山先生。COOL!
• 2008.6.26 PubChem 低分子の生物活性に関する情報を提供。
• 2008.6.12 蛋白質科学会アーカイブ 素晴らしいの一言につきます。蛋白質を扱っている研究者は必ず見るべし。そしていつの日か自らも貢献しましょう。COOL!
• 2008.6.9 MUSCLE 配列のみを使った、アミノ酸（またはDNA）配列のマルチプルアラインメント。EMBL-EBI。ソフトウェアをダウンロードして使いたい場合はこちら。
• 2008.6.9 ProbCons 配列のみを使った、アミノ酸（またはDNA）配列のマルチプルアラインメント。従来のいくつかの手法よりも改善したと主張している。
• 2008.6.9 PROMALS 配列に加えて、遠いホモログと二次構造予測を利用した、アミノ酸配列のマルチプルアラインメント。相同性が低い配列をアラインする時に。UT Southwestern Medical Center at DallasのDr. Nick V. Grishinのラボ。
• 2008.6.9 PROMALS3D ３次元構造を使ったアミノ酸配列マルチプルアラインメント。相同性が低い配列をアラインする時に。PROMALSと同じサーバにある。
• 2008.6.9 SPEM 配列に加えて、遠いホモログと二次構造予測を利用した、アミノ酸配列のマルチプルアラインメント。相同性が低い配列をアラインする時に。計算に数時間かかる場合もあるとか。Prof. Yaoqi Zhouのラボ。
• 2008.6.9 Expresso ３次元構造を使ったアミノ酸配列マルチプルアラインメント。相同性が低い配列をアラインする時に。T-COFFEEと同じサーバにある。昔は3DCoffeeと呼ばれてたそうな。
• 2008.5.29 Bio Wiki 生命科学関連のwiki。エタ沈などの操作のプロトコルやその原理も載っているので勉強にもなる。
• 2008.4.11 PSAIA 蛋白質の複合体の相互作用の解析を、複数のアルゴリズムでいっぺんに行うソフト。Windows版とLinux版がある。
• 2008.4.11 MolProbity 構造(X線、NMR両方)のチェックと修正を行ってくれるサーバ。精密化後に是非チェックを。サーバー版だけではなく、オープンソースなプログラムをダウンロードしてローカルで走らせることも可能。
• 2008.4.7 MSDmotif 構造モチーフの検索。例えば、活性部位や結合部位でリガンドと相互作用している残基で、似たような例がないか探せる。
• 2008.3.14 GANDivA Web タンパク質を小さなモジュール単位（自発的にフォールドするユニット：foldronと定義）に分割してくれるサーバ。
• 2008.3.7 STRAP 配列と構造のマルチプルアラインメントを行う。
• 2008.3.5 MUSTANG 立体構造のマルチプルアラインメントをやってくれるサーバー。スタンドアロン版（ソフトウェア版）もあり。
• 2008.2.25 DISOPRED2 Disorder Prediction Server 天然変性状態にある(Intrinsically Disordered)部分を予測するサーバー。結晶化するときのコンストラクトを作るとき、どこまで縮めるかを決めるのに、役に立ちそう。
• 2008.1.21 Q-site Finder リガンド結合サイトの検索。エネルギー計算に基づく方法。
• 2008.1.21 Pocket-Finder リガンド結合サイトの検索。形状に基づいたLIGSITEアルゴリズムによる。
• 2007.12.25 OS X Scientific Computing Mac OS Xで結晶構造解析関係のソフトをインストールする際の手引き。元はCrystallography on OS Xというサイトだったが、wiki版になった。William Scottらによる。 COOL!
• 2007.12.22 MrBUMP 全自動の分子置換ソフトウェア。複数のプログラムを繋ぐパイプラインとして動く。BALBESと同様に、自動でサーチモデルを探して計算してくれるらしい。ミスター・バンプ、とでも読むのでしょうか。
• 2007.12.12 PiQSi 四次構造を正しく調べて管理するためのコミュニティ。現段階で、PDBに記載されている約10,000の構造のbiological unitsのうち、約15%が間違っている可能性があるそうです(Structure 15(11), 1364-1367, 2007)。ピクシー、と読むんでしょうか。
• 2007.11.29 PISA 生体高分子（タンパク質、核酸など）の相互作用を調べたり、四次構造形成を予測したり、構造上類似性のある相互作用を検索したりできる、インタラクティブなツール。スタンドアロン版あり。Protein Interfaces, Surfaces and Assembliesの略。EMBL-EBI。
• 2007.11.27 PDB2MultiGIF PDBファイルから、回転するムービーを作ってくれるサーバー。Rasmol2を使っている。正直、クオリティに関しては。。。だが、簡単なのがいい。携帯の待ち受け画面を作るのには最適？
• 2007.11.27 Sweet2 糖質の3D構造をモデリングして作ってくれる。
• 2007.11.19 MAFFT アミノ酸（またはDNA）配列のマルチプルアラインメント。複数の手法を用いてアラインメントできる。名前に"FFT"が入っているように、高速フーリエ変換を用いているようだ。精度は高いらしい。ダウンロード版はこちら。九州大学の加藤和貴先生らによる。
• 2007.11.16 ESyPred3D 新しいホモロジーモデリングのサーバー。
• 2007.11.7 「主要なタンパク質分類データベース」の項目を作成。
• 2007.8.16 Binding MOAD タンパク質とリガンドの結合に関するデータベース。2.5Å以上の分解能でリガンドが結合している構造と、結合に関する定数（Kd, Ki, IC50）が載っている。
• 2007.7.23 CrystalWiki ついに出来た、biological macromolecular crystallographyのwiki。2007年7月末に出来たばかりなので、まだ何もありませんが、これから盛況になるんでしょうか？
• 2007.6.11 MPI Bioinformatics Toolkit 検索、アラインメント、配列解析、２次構造予測、３次構造予測、分類、などあらゆるツールが一つのwebサイトから使えます。特に、HHPredというツールは、２次構造予測をベースとしたホモロジー検索をするので、似た者が無い配列でも、何かが引っかかって来る可能性大。Max-Planck Institute for Developmental Biologyによる。COOL!
• 2007.3.7 xia2 全自動の反射データ処理ソフト。Pythonで書かれており、主にmosflmを使う。インストール、使い方共に超簡単 。 COOL!　インストール・使用時の注意点：fedora coreならyumでpythonをupdateし（2.4.3-2.4.4が推奨）、which pythonで古いバージョンのpythonに優先PATHが通ってないかチェック。ccp4mgがインストールした古いpythonにpathが通っていることがあるので要注意。"which pointless-1.1.1.d"でexecutableが見つからなければ、CCP4 prerelease softwareの中からpointlessとothercellをダウンロードしてインストールする (PATHの通った場所にpointless-1.1.1.dとothercellという名前で置く)。.imgファイルのヘッダに書かれているbeam centerの値は間違っている場合があるので、正しい値を.xinfoに書き込む。
• 2007.2.1 ProtSkin タンパク質のアミノ酸配列保存性のマッピングをしてくれるサーバ。
• 2007.2.1 P450データ集 生活環境化学の部屋の中。
• 2007.1.26 BALBES 全自動の分子置換ソフトウェア。アミノ酸配列とmtz（またはcif）を入れると、類似構造やドメインを探して分子置換をやってくれるらしい。使い方は非常に簡単でヒューマンエラーが減る。ただし、データベースをローカルに保存するため、ディスクスペースを結構喰うので注意。LinuxとMacOS、ccp4iで使える。 COOL!
• 2007.1.25 Porter 二次構造予測。University College Dublin。

• 2007.1.25 CRNPRED １次元構造予測。通常の二次構造だけでなく、contact numberや残基ごとのcontact orderも予測する。
• 2007.1.25 PredictProtein アミノ酸配列の解析と構造予測。
• 2007.1.22 CNS Axel T. BrungerによるSimulated Annealing法を用いた精密化プログラム。分子置換もできる。旧名X-plor。2007年に久しぶりにバージョンアップ、1.2になりました。Bulk solvent correctionの手法が変わって低分解能の構造の精密化が改良されているらしいです。 COOL!
• 2007.1.15 Structure-Function Linkage Database (SFLD) 構造機能相関に関するデータベース。機能的に幅広いsuperfamilyの中の酵素と反応機構を結びつける。UCSFのBabbittとFerrinのグループ。
• 2007.1.15 Catalytic Site Atlas (CSA) 活性中心残基のデータベース。EMBL-EBIのThorntonのグループ。
• 2007.1.15 EzCatDB 酵素を反応機構と構造で分類する。RCLP (Reaction/Catalysis/Ligand/Protein)分類という手法を使っている。産総研・生命情報科学研究センター(CBRC-AIST)の長野 希美さんによる。日本語のtutorial(EzCatDB/RCLP)もあるよ。
• 2007.1.15 MACiE 酵素の反応機能のデータベース。ケンブリッジ大・Unilever CenterのJohn MitchellのグループとEMBL-EBIのThorntonのグループによる。
• 2007.1.15 SCOPEC EC番号とドメイン構造をマップする。enzome.comというサイトの中。リンク切れ？
• 2007.1.6 MultAlin アミノ酸（またはDNA）配列のマルチプルアラインメント。
• 2007.1.6 T-COFFEE アミノ酸（またはDNA）配列のマルチプルアラインメント。ClustalWより正確だけど遅いそうな。
• 2007.1.6 XtalBase 結晶化のデータベース。結晶化のマネジメントシステム。条件を検索したり結晶化プレートの条件を設定したりできる。
• 2007.1.3 METAL COORDINATION SITES IN PROTEINS 蛋白質中の金属配位サイトの情報が沢山載っている。エジンバラ大のMarjorie M Hardingによる。
• 2006.12.25 モンテカルロ探索法による６次元分子置換プログラム 阪大蛋白研の吉村政人さんにより開発中のプログラム。複数のCPUを使って回転・並進を一度にサーチするそうです。
• 2006.12.25 CaspR web上でモデリング、分子置換、refinement（CNS）を全自動でやってくれるそうな。 COOL!
• 2006.12.6 ATGCチェッカー PubMedを検索して新着情報をメールで知らせてくれる。無料（要登録）。提供は（株）バイオインパクト COOL!
• 2006.11.22 TCDB Transport Classification Database. Saier Lab. Bioinformatics Groupによる。
• 2006.11.13 MicrobeWiki　微生物に関するWiki COOL!
• 2006.10.20 MIFit xfit/XtalViewの作者のDuncan McReeが書いた新しい分子モデリングソフト。Windowsで安定に動作するらしい。Academic and non-commercial usersに対してはfree。Rigaku/MSCのソフトウェア部門であるMolecular Images社の製品。
• 2006.10.20 UNIXコマンド概説 Linuxの新人向けに分かりやすく書かれている。堀田さんの「ネットワーク管理者（の卵）養成講座」より
• 2006.10.20 培養.jp 培養に関する総合情報サイト。培養基礎知識は参考になるし、コラムも読みごたえ有り。
• 2006.10.20 MPCD 結晶化のデータベース。以前からあったCYCLOPとBMCD (v2.0)を統合したもの。自分で結晶化のデータを登録できる。Marseille Protein Crystallization Databaseの略。
• 2006.6.2 Funaのホームページ 化学薬品、化学物質データベースが便利。日本語入力で化学物質検索。ChemFinderへCAS番号リンク。
• 2006.5.25 ISGO International Structural Genomics Organization（国際構造生物機構?）構造生物学に関する国際的な団体。構造生物学における世界的な協力・連携を目指す。
• 2006.4.12 SSM 二次構造をもとに立体構造の重ね合わせをしてくれるサーバ。Secondary Structure Matchingの略。EMBL-EBIのMSD(Macromolecular Structure Database)。
• 2006.4.7 Coot CCP4 (Refmac5)との相性が抜群によく、初心者にも使いやすいモデル修正・構築ソフト。RS Refine Zoneをしたときに、ドラッグした部分がグイッと電子密度に入っていく所を見ると感動する。CCP4 ver 6.0以降は一緒にインストールされる。Paul Emsleyによる。 COOL!
• 2006.4.7 ConSurf 蛋白質のアミノ酸配列の保存性を分子表面にマッピングし、機能性部位を予測するサーバー。ESPriptなどを使っても同様のことはできますが。
• 2006.3.31 EPMR tutorial 遺伝的アルゴリズムを使って分子置換を計算するプログラム。時間はすごくかかるがスクリプトを作って連続で走らせることができるのは便利。Phaserとどっちが良いかは不明。Charles R. Kissingerによる。古いマニュアルに書かれている彼のメールアドレスやftpサイト（agouron.com）は現在使えないので注意。TutorialはUCLAのMichael R. Sawayaによる。
• 2006.3.31 Surface Racer 分子表面に関する解析をしてくれるソフト。Accessible surface area, molecular surface area、分子表面の平均curvatureを計算してくれる。
• 2006.3.31 DelPhi Poisson-Bolzmann式を解いて分子の静電ポテンシャルを計算するソフト。APBSやMEADより速いらしいがちと高い。Barry Honigらのラボ。Pymolを使って計算する方法はこちら。UCSF Chimeraで使うこともできる。
• 2006.3.31 APBS 同じくPoisson Bolzmann solver。こっちもPyMolやPOVSCRIPT+で使うことができる。
• 2006.3.31 MEAD 同じくPoisson Bolzmann solver。BashfordらのグループのHPからダウンロードできる。
• 2006.2.23 Buccaneer 自動Cαトレースプログラム。良い位相がついていれば低分解能でもトレース可能らしい。BUild Connected C-Alphas, Nautical Excuse for Eponym Requiredの略:-)。Kevin Cowtanによる。
• 2006.2.7 Sir2002 直接法による構造解析ソフト。アシメに3000個までの原子が入った結晶データを扱える。2268個の非水素原子を含む構造を解いた実績がある、ということは、分子量３万程度までいけるってこと！？(Acta Cryst. (2006). D62, 165-176)
• 2005.12.16 MPDB Membrane Protein Data Bank ついに出た。膜蛋白質の構造・機能データベース。
• 2005.1212 HATODAS 鳩出す(Heavy-atom Database System)。重原子のデータベース。重原子置換体の調製を手助けするために作られた。Acta Cryst. D61 (9), 1302-1305, 2005.
• 2005.9.20 Bernhard Rupp のHPが移転したのに伴って、いくつかリンク貼り替え。
• 2005.9.16 Povscript+ Molscriptの改良版と、そのPovrayへのpatchであるpovscript (Dan Peisach作)についての記述。Tim Fennによる。MolscriptとPOVrayのrpmファイルも置いてある。 （リンク貼り替え）
• 2005.9.14 Lafire 自動構造精密化ソフト。北大・田中勲研の姚閔(Yao Min)先生による。
• 2005.9.14 RAPPER 自動モデル構築。応用範囲は広く、Ｘ線データやNMRデータに基づくモデル構築、比較（ホモロジー？）モデリング、ab initioの構造予測、構造評価などに使えるそうな。Crystallographerとしては、中程度の分解能でも自動的なモデル構築ができる点が魅力的か？ LinuxやMacOS用のバイナリだけでなく、webインターフェースのサーバーも用意されている。Marc DePristo, Paul de Bakkerらによる。
• 2005.8.11 XAct 結晶化支援ソフト。結晶化実験の結果を保存して管理できるらしい。Ditlev Brodersenによる。（サーバー不調？）
• 2005.8.11 SecSeq 二次構造＆配列アラインメント表示ソフト。ESPriptほど機能は多くなさそうだが、２次構造の表示の仕方にセンスを感じるぜ。Ditlev Brodersenによる。（リンク貼り替え）
• 2005.8.8 Pirate 新しい統計学手法により位相を精密化するプログラム。Phase Improvement Requires Another Tenuous Eponymの略 :-)。dmの作者として有名なKevin Cowtanによる。
• 2005.7.25 PHASER Maximum likelihood法を利用して位相を決定するソフト。現在は分子置換のみ。うちでは、molrepで発見できなかった解（非対称単位に８分子、モデルは同じ蛋白質）を発見することができました。ccp4iやPHENIXのユーザーインターフェースで用いる。
• 2005.7.20 TLSMD TLS(Translation/Libration/Screw)振動を利用して構造を精密化する場合に用いる。データを送れば、適当なTLSグループに分割して、Refmac5のTLS refinementに使えるinput fileを返してくれるそうな。
• 2005.7.20 H++ 生体高分子の解離基のpKaとプロトン化状態を予測してくれる。Virginia Techのグループによる。
• 2005.7.20 PROPKA こちらも蛋白質のpKaを予測してくれる。とても速いとか。 Jensenの研究グループによる。
• 2005.7.1 Google Scholar Googleで文献（査読付論文、学位論文、本、プレプリント、要旨、技術レポートなど）の検索が出来る。Citationへのリンクも出るので、PubMedと併せて使うといいかも。
• 2005.6.23 たんぱく質と結晶 Protessional 初心者にも分かりやすく書かれています。これから構造解析を始める人は（もうベテランの人も）覗いてみるときっと得られるものは多いはず。名古屋大学の谷澤英樹さんのページ。残念ながら更新は停止中ですが、ここ以外にも、個人サイトのソフト紹介や、メモページなどにも有用な情報が多数あり。
• 2005.6.20 PF構造生物学ビームラインHP ビームラインのマニュアルなど、近年、急速に充実度がアップしています。pfweisという名前は永遠に？　鈴木守先生の便利なスクリプトや、秋山浩子さんの書かれたXtalViewのマニュアル(MS Word, PDF)も残してあるようです。
• 2005 5 31 DICHROWEB オンラインでCD(Circular Dichronism:円二色性分光)データの解析ができる。Birkbeck College, University of LondonのB. A. Wallaceらによる。
• 2005.5.27 SPOCK 移転したようですので、リンクを貼り替えました。
• 2005.4.22 NOC リボンモデルなどの分子表示だけでなく、電子密度マップの表示、model building、分子表面の描画もできるらしい。GUIが使いやすそう。今のところWindows版だけらしい。中国製。
• 2005.2.21 SDPMOD SS結合（ジスルフィド結合）を持つ小さい(100aa以下)タンパク質用のホモロジーモデリングのサーバー。
• 2005.2.21 TITO 20%以下の低いホモロジーを利用してホモロジーモデリングする時にはこれを。Threadingを利用するらしいので。
• 2005.2.21 The WHAT IF Web Interface これもWHAT IFのサーバー? ホモロジーモデリング、リガンドのドッキング、静電ポテンシャルの計算、構造評価、表示などもできるらしい。
• 2005.2.21 SCWRL Server ホモロジーモデリングのサーバー。
• 2005.1.29 JCSG The Joint Center for Structural Genomics (JCSG)。
• 2005.1.18 CueMol [日本語] 特にリンクに変更はありませんが、ついに正式バージョンがリリースされたのでここに書いておきます。
• 2004.12.20 Jmol ブラウザ上でJavaを使って分子表示するソフト。オープンソースでフリーなのでChimeの代わりに。DeLano Scientificによる。
• 2004.12.1 BUSTER-TNT [mirror?] 精密化プログラム。部分的な構造しか見えてなくても威力を発揮するそうです。Global Phasing Limitedによる。
• 2004.12.1 Protein Function Prediction Server 機能未知蛋白質の機能を予測するサーバー。アミノ酸残基の割合、二次構造、分子表面の特徴などから判断するそうです。
• 2004.11.24 FATCAT 類似構造の検索。Pairwise Alignmentもやってくれる。
• 2004.11.24 FoldMiner 類似構造と構造モチーフの検索
• 2004.11.24 Pfam 配列からのタンパク質のファミリーの検索。マルチドメインでも分かりやすく表示してくれる。Sanger Institute。
• 2004.11.24 Superfamily アミノ酸配列を入れれば、類似配列の検索やアラインメントなどをやってくれる。ゲノム配列のアサインメントをブラウズすることもできる。
• 2004.10.20 Vm Calculator Rigaku 単結晶構造解析部門が提供する構造解析Tipsの中にある。
• 2004.10.19 iMol 我らがMacOS X用の分子表示プログラム。使いやすくてかっこいい。
• 2004.10.19 MDL Chime ブラウザのプラグインとして動く分子表示プログラム。MDL社。PDBで公式に採用されているが、残念ながらMacOS Xのバージョンはない。MacOS X + IEの人は、PDBbetaからWebMol Appletを使いましょう。
• 2004.10.19 MolView Macintosh用分子表示ソフト。残念ながらOS Xには対応していない(classic専用)。Tom Smithによる。
• 2004.10.19 CueMol [日本語] PDBの表示。旧名Que。Windowsベースで操作が簡単。CCP4やCNSのマップファイルも表示可能。将来はOやxfitのようにモデル構築にも使えるようになるとか。現在もマメにバージョンアップされてます。作者は石谷さん。
• 2004.10.7 CLIMS: Crystallography Laboratory Information Management System ラボで使用する結晶化マネージメントシステム。
• 2004.9.21 タンパク3000 文部科学省が中心となり、産学官の研究機関によって国家的・社会的課題に対応した研究開発を行うプロジェクト。英語名称はProtein 3000ではなく、National Project on Protein Structural and Functional Analysesです。
• 2004.9.10 PiyoSEQ 大腸菌での組み換え蛋白質のinclusion body生成予測。横浜市立大学→神戸大学の廣明秀一先生による。
• 2004.7.8 PHENIX 自動構造決定ソフトウェア。異常分散を出す原子の位置を全自動で決めてくれるんだとか。Paul Adamsらによる。 (Ver. up)
• 2004.6.25 Lipage Engineering Database α/βヒドロラーゼの１種であるリパーゼのエンジニアリングのデータベース
• 2004.6.11 LABELIT Autoindexingのプログラム。ALSで開発されたものだとか。使用には他のソフトウェアパッケージが必要だそうです。
• 2004.6.7 蛋白質結晶クライオ条件データ検索 のリンク貼り替え
• 2004.6.1 SuMo PDBデータベースの中から、似たサイトを見つけてくれる。リガンド結合サイトの検索。フランスのIBCP。