Refmac/cootでrefinement (finish編)

180423 S. Fushinobu
Cootを初めて使った時にこれを書いてからずっと書こうと思って書けなかった項目。精密化を終わらせる時に気をつけること、構造の間違いを見つける方法など。1.6 ~ 2.5 Åくらいの分解能を想定して書いています。

Softwares

Cootの準備とFit Protein

BUCCANNERが作り損ねた側鎖を見落とさない (2022.6.5追記)

  • BUCCANNERが側鎖をbuildしないでCβまでしか作らないで放置していることがあります。Calculate - Modelling - Residues with Missing Atomsでチェックしておきましょう。
  • 水の拾い方/削り方

    MolprobityでHis/Asn/Glnフリップのチェック

    CootのValidationメニュー

    Refmacのかけかたについて

    Validation by servers

    では、グッドラック。