タンパク質結晶の中のPEG

100901 S. Fushinobu

Dr. Ulrich Gohlke (Uli)のccp4bbでのpostが素晴らしかったのでメモ。

PDBにあるPEGのリスト(2010年9月1日調べ)。

n 3-Letter code # of structures Formula Name
1 PEG 447 C4 H10 O3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER
2 PGE 221 C6 H14 O4 TRIETHYLENE GLYCOL
3 PG4 353 C8 H18 O5 TETRAETHYLENE GLYCOL
4 1PE 168 C10 H22 O6 PENTAETHYLENE GLYCOL
5 P6G 102 C12 H26 O7 HEXAETHYLENE GLYCOL
6 P33 29 C14 H30 O8 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
7 PE8 9 C16 H34 O9 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23- DIOL
8 2PE 39 C18 H38 O10 NONAETHYLENE GLYCOL
9 XPE 3 C20 H42 O11 3,6,9,12,15,18,21,24,27-NONAOXANONACOSANE- 1,29-DIOL
10 n.a. 0 C22 H46 O12
11 12P 21 C24 H50 O13 DODECAETHYLENE GLYCOL
12 n.a. 0 C26 H54 O14
13 PE3 7 C28 H58 O15 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE- 1,41-DIOL
14-20 n.a. 0 C30 H64 O16 ~
C42 H88 O22

ただし、一般式を HO-(CH2-CH2-O)n-CH2-CH2-OHとして。

ちなみに、単分散の場合、PEG 400はn = 9(Wikipediaによるとn = 8.2 to 9.1)、PEG 1,000はn = 88、PEG 20,000はn = 450。


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