2003.3.24 by S.Fushinobu
こんなのが出来ます。
まずは専用のディレクトリを切る（当然）。以下のプログラムを起動してもno such file or directoryとか出てくる時には、ちゃんと設定している人の.cshrc(linuxなら.bashrc)を参考にして自分の設定を書き直す（基本）。
PDBファイルを編集して、ヘッダーを削る（ATOMとENDで始まる行以外を削除する）。水も除く。ファイル名を決める。ただし、必ずファイル名は英数４文字+.pdbにする！(e.g. 1abc.pdb)。
Multi chain protein (ex. A and B subumits)ならば、A chainとB chainに分ける。
PDBファイルから２次構造情報の入ったファイル(dsspファイル)を作る。まずはdsspとだけ入力すれば使い方が表示される。
>dssp 1abc.pdb 1abc.dssp
dsspのファイルが出来る。出力ファイル名も英数４文字+.dsspに。
.cshrcファイルの編集で、
source /usr/local/contrib/Tops/TopsSetup.cshの１行を入れることを忘れないように。
インストール時にはJavaがonになっている必要あり。
>Tops 1abc
で1abc.topというファイルができる。"tops"ではなく"Tops"なので注意。（時間が結構かかるはず）
コンソールで、
>EditTops 1abc.top
と入力すれば編集可能。右下のプルダウンメニューから、"Move fixed structures", "Colour symbols"などを選んで遊んでみて下さい。いい絵だと思ったら、上のPrintメニューから"Write Encapsuled Postscript file"でポストスクリプトファイル(.ps)を書き出し可能。マニュアルは、/usr/local/contrib/Tops/docs/Guide.ps あたりに置いてあります。