酵素研で構造解析されたタンパク質

Protein structures solved by us

ビフィズス菌由来アロステリックL-乳酸脱水素酵素

Allosteric L-lactate dehydrogenase from Bifidobacterium longum

1LLD, 1LTH

So Iwata, 1993-1994

白麹菌由来酸性キシラナーゼC

Acid xylanase C from Aspergillus kawachii

1BK1

Shinya Fushinobu, 1998

基質特異性拡張型βラクタマーゼ Toho-1

Extended-spectrum beta-lactamase Toho-1 from Escherichia coli

1BZA

Akiko Ibuka, 1999

ラクトバチルス属菌由来非アロステリックL-乳酸脱水素酵素

Non-allosteric L-lactate dehydrogenase from Lactobacillus pentosus

1EZ4

Hiroyuki Uchikoba, 2002

高度好熱性古細菌由来ADP依存性グルコキナーゼ

ADP dependent glucokinase from Thermococcus litoralis

1GC5

Sohei Ito, 2001

基質特異性拡張型βラクタマーゼToho-1の3種の抗生物質とのアシル中間体構造

Acyl-intermediate structures of the extended-spectrum beta-lactamase Toho-1 in complex with three antibiotics

1IYO, 1IYP, 1IYQ

Tatsuro Shimamura, 2002

コバルト型ニトリルヒドラターゼ

Cobalt-containing nitrile hydratase from Pseudonocardia thermophila

1IRE

Akimasa Miyanaga, 2001

超好熱性古細菌由来4-α-グルカノトランスフェラーゼ (糖質分解酵素ファミリー57)

Glycoside hydrolase family 57 4-alpha-glucanotransferase from Thermococcus litoralis (glycoside hydrolase family 57)

1K1W, 1K1X, 1K1Y

Hiromi Imamura, 2003

難分解性物質加水分解酵素CumD

Meta-cleavage product hydrolase CumD from Pseudomonas fluorescens IP01

1IUN, 1IUO, 1IUP

Shinya Fushinobu, Takashi Saku, 2002

好熱菌由来βガラクトシダーゼ (糖質分解酵素ファミリー42)

Glycoside hydrolase family 42 beta-galactosidase from Thermus thermophilus A4 (glycoside hydrolase family 42)

1KWG, 1KWK

Masafumi Hidaka, 2002

超好熱性古細菌由来ADP依存性ホスホフルクトキナーゼ

ADP dependent phosphofructokinase from Thermococcus litoralis

(preliminary structure)

Jong-Jin Jeong, 2003-

超好熱性古細菌由来ADP依存性グルコキナーゼ (グルコース結合型)

ADP dependent glucokinase from Pyrococcus furiosus

1UA4

Sohei Ito, 2003

超好熱性古細菌由来ルブレリスリン様金属結合タンパク質

Rubrerythrin-like metalloprotein from Sulfolobus tokodaii strain 7

1J30

Shinya Fushinobu, 2003

キトビオースホスホリラーゼ(糖質分解酵素ファミリー94)

Glycoside hydrolase family 94 chitobiose phosphorylase from Vibrio proteolyticus (glycoside hydrolase family 94)

1V7V, 1V7W, 1V7X

Masafumi Hidaka, 2004

超好熱性古細菌由来フルクトース-1,6-ビスホスファターゼ

Fructose-1,6-bisphosphatase from Sulfolobus tokodaii strain 7

1UMG

Hiroshi Nishimasu, 2004

脱窒菌由来一酸化窒素還元酵素P450nor(NADHアナログ複合体)

Nitric oxiide reductase P450nor from Fusarium oxysporum complexed with an NADH analogue

1XQD, 1ULW (1J3O has been withdrawn)

Rieko Oshima, 2004

白麹菌由来α-L-アラビノフラノシダーゼB(糖質分解酵素ファミリー54)

α-L-Arabinofuranosidase B from Aspergillus kawachii (glycoside hydrolase family 54)

1WD3, 1WD4, 2D43, 2D44

Akimasa Miyanaga, 2004

還元末端キシロース特異的エキソ型オリゴキシラナーゼ(糖質分解酵素ファミリー8)

Reducing end xylose-releasing exo-oligoxylanase from Bacillus halodurans (glycoside hydrolase family 8)

1WU4, 1WU5, 1WU6, 2DRO, 2DRQ, 2DRR, 2DRS

Shinya Fushinobu, Masafumi Hidaka, 2005

難分解性物質分解酵素
クメンジオキシゲナーゼ
CumA1A2

Terminal component of cumene dioxygenase (CumA1A2) from Pseudomonas fluorescens IP01

1WQL

Xuesong Dong, 2005

セロビオースホスホリラーゼ(糖質分解酵素ファミリー94)

Cellobiose phosphorylase from Cellvibrio gilvus (glycoside hydrolase family 94)

2CQS, 2CQT

Masafumi Hidaka, 2006

キシラナーゼB(糖質分解酵素ファミリー10) Xylanase B from Clostridium stercorarium F9 (glycoside hydrolase family 10) 2DEP Shinya Fushinobu, Mamoru Nishimoto, 2007
白色腐朽菌由来菌体内β-グルコシダーゼ BGL1A(糖質分解酵素ファミリー1) beta-Glucosidase BGL1A from Phanerochaete chrysosporium (glycoside hydrolase family 1) 2E3Z, 2E40 Yuri Nijikken, 2007

共同研究で解析されたもの
Collaborations

植物ホルモン・ジベレリンA4と抗体との複合体

The liganded anti-gibberellin A4 antibody 4-B8(8)/E9 Fab fragment

1KFA

Takashi Murata, Isomaro Yamaguchi, 2002
Lab. of Plant Growth Substances, Dept.of Appl.Biol.Chem., The Univ. of Tokyo

ダイオキシン類(カルバゾール)化合物分解系加水分解酵素 (CarC)

Serine hydroase involved in the carbazole degradation (CarC)

1J1I

Kenichi Morii, Hiroshi Habe, Hideaki Nojiri, Toshio Omori 2003
Biotechnology Research Center, The Univ. of Tokyo

未発表のもの
Unpublished

Protein A

1.8 A, R=21%, Dec 2002

Solved by Se-MAD (J3)

Protein B

1.9 A, R=22.0%, Rfree=25.1%, Feb 2004

Solved by MR and Se-MAD (TY)

Protein C

2.75 A, Nov 2005

Solved by SAD (MH)

Protein D

2.3 A, Mar 2006

Solved by Se-MAD (MH)

Protein E

1.65 A, Dec 2006

Solved by Se-MAD (TK-RS-JW)

現在、構造を解いており、論文準備中/投稿中のもの、現在構造解析が進行中のものが数種類あります。


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