2003.4.21 by R. Oshima
Modified by S. Fushinobu
こんなのが出来ます。
以下のプログラムを起動してもno such file or directoryとか出てくる時には、ちゃんと設定している人の.cshrc(linuxなら.bashrc)を参考にして自分の設定を書き直す（基本）。
分子がいくつかある場合、nedit, geditなどのエディタを使ってpdbファイルのchainのIDを変える。
例：タンパク質、ヘム(HEM)、基質(DAD)、水が全てA chainで、水が "OH2 TIP"の場合。
コマンドラインでspockと入力するだけ。
注意：立ち上がる時、分子がくるくる回るデモが始まるので、終わるまで操作しないこと。暴走するぞ！
Spock→pdb fileを読み込む
例：タンパク質がm=1, HEMがm=2, DADがm=3, 水がm=4として読み込まれる。
Display→bondsやwormsが重いから消す。
分子表面を色分けなしで表示する場合
Alter→surfaces→build(molecular surface accessible m=1(タンパク分子のみのpdbを指定)
分子表面をポテンシャルごとに色分けして表示する場合
Marcros→Molecular surface for atoms m=1にする。Add Open Charge file→full.crg
Probe radius→通常1.4Åにする。
Display→Spectraでspectraが消える。
Alter→Spectra→Edit surface spectraで分子表面の色（Max：青とMin：赤のポテンシャルの値）を変えられる。Max=50, Min=-50くらいにしたほうが色がはっきり出る。
Dsplay→Bonds表示→他の分子を消す
bc=0, m＜＞[2,3]
例：bc=0は、色を消す、という意味。他の色で表示するには、1〜9の数字（Garaphics→colortoolで色がわかる）。Cを白、Oを赤、Nを青、といったdefaultの色にするには、bc=d、とする。その後のm<>[2,3]というのは、HEM(m=2)とDAD(m=3)以外、という意味。これで、タンパク質(m=1)と水(m=4)が消える
[1, 3, 4]なら、1と3と4、という意味。
bc=1, m=1, rn=(10,20)とすれば、タンパク質の10から20番目の残基まで表示
bc=2, m=1, rn=(10,100)でタンパク質の10〜100まで別の色（たしか赤か黄色だったような）で表示
vc=2, m=1, rn=(10,20)とすれば、タンパク質の10〜20番目の残基が作る分子表面の色を変える
Shift＋真ん中ボタンを押しながら上下ドラッグ→Zoom in / out
左と真ん中ボタンを押しながらドラッグ→上下左右に並進
詳しくはSpockのwebサーバかマニュアルを参考のこと。
Graphics→Center on the last picked point で、最後にクリックした所を中心に持って来れる。
Graphics→Clip Boxで出てくる画面(clip box)を利用すれば、自由にslabを切れる。右のスライドバーが奥側で左が手前側。Aux clippingで、もう一つのslabを作ることが出来る。
Alter→Bonds→Ball-and-stick(primary) で、分子のball & stickの表示がカッコ良くなる
注：ものすごく遅くなる
File →Save→Image file→Image Format→GIF 〜 .gif で画面をgif形式でセーブできる。
注：Done Saving が出るまで待たないと画面が変になる。
File →Save→Raster 3D File→〜.r3d で、画面をraster3d形式でセーブできる。
.r3dファイルをjotで編集 （no shadowの前のFをTにすると影がつく）
> render −tiff 〜.tiff < 〜.r3d で、tiffファイルに変換できる。（もちろん、raster3dをインストールしてないとダメ。linuxの場合には、png型式でしかrenderできないこともあるので注意）
File →Save→Molscript→〜.ms で、画面をmolscript形式でセーブできる。
.msファイルをjotで適当に編集
> molscript < 〜.ms > 〜.ps で、ポストスクリプトファイルを作れる。（もちろん、molscriptをインストールしてないとダメ）
> xpsview 〜.ps で表示できる（IRIXの場合）
> molscript -gl 〜in 〜.ms で、OpenGLを使ったinteractiveなmolscriptファイルの編集が出来る