Rでpseudo-first-order reactionのフィッティング

200120 S. Fushinobu

基質濃度がとても低いところから反応を開始すると基質を食い切って反応が次第に遅くなる場合があり、反応初期の直線部分だけを切り出して初速度を見積もるのが難しいことがしばしばあります。しかし、基質濃度がKmよりも十分低い場合には、この領域のS-vプロットを拡大するとほぼ直線になるので(いわゆる疑似一次反応の領域)、exponentialの式にfitすることにより、反応開始時に外挿した接線から初速度を見積もることができます。

[P] = A[1 – exp(–kt)] + C
Akが初速度となる。ただし、Aは最大の反応産物濃度、kは速度定数、tは反応時間、Cはオフセット。

スクリプト(コメントアウトを外すと直線もfit可能) csvファイルの例


Reference: いいのが見つかりませんね。。