Rでピンポン機構のフィッティング

181128 S. Fushinobu

二基質(bi-substrate)反応におけるピンポン機構(Ping-Pongあるいはsubstituted-enzyme mechanismとも呼ばれる)のデータを、Rのnls(Nonlinear Least Squares)コマンドを使って非線形回帰分析フィッティングするやり方を解説します。

競争阻害の時のスクリプトをもとに拡張しました。x軸を2つの基質で別々のプロットとして描き、nlsで算出されたパラメータで両逆数プロットを描くのも一気にできるようにしたのでぜひ使ってみてくださいな。



Reference: Analyzing Enzyme Kinetic Data Using the Powerful Statistical Capabilities of R
Carly Huitema, Geoff P Horsman
doi: https://doi.org/10.1101/316588