NCSの分子の比較

S. Fushinobu

NCSのダイマーの構造を精密化する時に、A/B chainの違いを見るために（ncs restrainがどの程度かかっているか、等）、A chainにB chainを、B chainにA chainを重ね合わせたPDBファイルを作るスクリプト。出力ファイル名を１ケ所、入力ファイル名を４ケ所も書かないといけないのが、面倒。

-------------------- lsqexc.sh --------------------
#!/bin/csh -f
lsqkab xyzin1 foo.pdb \
    xyzin2 foo.pdb xyzout junk1.pdb \
    << END-lsqkab
title Moving the B on the A subunit of foo
output XYZ
fit RESIDU ca 2 TO 273 CHAIN B
MATCH RESIDU 2 TO 273 CHAIN A
end
END-lsqkab
　
# Output only B chain
pdbset xyzin junk1.pdb xyzout junkB.pdb << eof-1
select chain B
eof-1
　
lsqkab xyzin1 foo.pdb \
    xyzin2 foo.pdb xyzout junk2.pdb \
    << END-lsqkab
title Moving the B on the A subunit of foo
output XYZ
fit RESIDU ca 2 TO 273 CHAIN A
MATCH RESIDU 2 TO 273 CHAIN B
end
END-lsqkab
　
# Output only A chain
pdbset xyzin junk2.pdb xyzout junkA.pdb << eof-1
select chain A
eof-1
　
/usr/xtal/gerard/bin/6d_moleman2 << 'eof'
　
! do not delete the above blank line!
read junkA.pdb ccp4
append junkB.pdb ccp4
write foo_exc.pdb
quit
'eof'
　
rm junk*.pdb
-------------------- lsqexc.sh --------------------