分子置換のモデル構造を作る

100525 S. Fushinobu

2010年5月頃のccp4bbの"Finding best model for molecular replacement"という話題のまとめ。議論としては、なんとなく煮え切らないまま終わった感あり。

• 数々の方法で三次元構造を予測できるサーバー。
• 沢山似ている構造がある場合には、Phaserを使って沢山の蛋白質のアンサンブルを使うとよいらしい（側鎖は切らない）。FFAS03というサーバーで類似のモデルを探せる（配列ベースではないらしい？）。Phaserのマニュアルに"mixed model"を使う方法が出ているのでこれを読んでやる。。
• Phyreサーバーを使う。（伏信注：僕も好きだが、分子置換には向いてないという人もあり。）
• BalbesやMrBumpを使えばベストの配列を探してくれる（伏信注：けど、PDBに登録された直後の構造は入らないんだよね）。
• ModellerやRosettaなどのモデリングソフトを使う。