Pymolでmovieを作る

180228 S. Fushinobu

大昔に書いたmovieの作成方法は、今では使えなくなってるソフトも多いので、ごく簡単に今のやり方をメモ。 USFのlsqmanもアップデート止まってますし。

まず準備

四の五の言わずに、Pymolの最新版をゲット。Open-source版にはmorphコマンドがありません(case 2参照)。学生さんのライセンスは（今のところ）フリーです。

Case 1: active siteにzoom

最近、発表でよくみるアレを作ってみよう。
Pymol起動、まずミオグロビンのPDBをゲット
```
>fetch 1mbn
```
色々見た目を変えてみる。

Cartoonと色が違う半透明な表面を作るには

>select prot, 1mbn and not resn HEM
(prot)からA - >Copy to object -> new; obj01ができるので、そっちでsurface作って色を変える。C -> grays - >whiteとか。
>set transparency, 0.4

いい感じになったら、Scene -> Store -> F1　（下の絵じゃ見えにくいけど、左下にF1のパネルが出る）
２つめのシーンを作る。例えばヘムにズームしてsurfaceを消す(右の柱のobj01をクリックしてその表示をやめるだけでOK)。
Scene -> Store -> F2
Y軸を揺らしながらズームしていき、戻ってくるmovieを作るには、Movie -> Program -> Scene Loop -> Y-Rock -> (角度と時間)　これで完成！右下の三角ボタンを押してムービーを動かしてみよう。
もっと他のタイプのを作ってみたければ、Movie -> Resetしてから他のメニューを試してみよう。
ファイルで書き出すならFile -> Export Movie As..
参考URL: MovieSchool Making Movies (PyMOL Wiki)

Case 2: 構造変化させる

２つの異なるコンフォメーションの構造を用意する。
```
>fetch 4wh1
>fetch 4ocv
```
構造を重ねる
```
>align 4ocv, 4wh1
```
morphコマンドで２つの構造をつなげたobjectを作る。
```
>morph closing, 4wh1, 4ocv
```
新オブジェクトclosingだけを表示して、その色や見た目、向きを適当に整える。
おもむろにMovie -> Program -> State Sweep ..　これで完成！簡単でしょ？
気づいたと思うけど、4ocv(closed complex)に入ってたリガンドはmorphをすると消えちゃうよね(4wh1がリガンドフリーなので)。これは、片方のPDBファイルにもう一つのリガンドをマージすればOK。適当にactive siteの外に動かすなどすれば、入ったり出たりするのも作れます。
ではやってみましょう。
4ocvのリガンドをselectする（クリックして選んでもよい）
```
>select (resn NDG or resn ANP) and 4ocv
```
Ligand free構造とマージしたオブジェクトを作る
```
>create 4wh1-lig, 4wh1 | sele
```
3-Button Editingモードにして、動かしたいリガンドを中ボタンでダブルクリック、Shift + 中ドラッグで好きな位置に動かせる。
リガンドのchain IDとsegidが違っているとmorphに加えてもらえないので、両方の構造の２つのリガンドをまとめて選んでchain IDを揃える
```
>select (resn NDG or resn ANP) AND (4wh1-lig or 4ocv)
>alter sele, chain='A'
```
Segidは全部空にしちゃえばよい。
```
>alter all, segi=''
```
morphの時に、match=inにするとリガンドも入る（デフォルトはmatch=alignで通常リガンドは無視する）。refiementはdefaultで1だが、そうすると歪みのある中間体構造が勝手に修正されてしまうので、この場合はrefinement=0とするとよい。
```
>morph closing2, 4wh1-lig, 4ocv, match=in, refinement=0
```
match=inとして作ったmorph objectはループ部分にgapが出来てそこが点線になってしまうので(なぜか不明。表示はcartoon_gap_cutoff依存)、見た目が悪いと思ったら、closing2のcartoonは消して、前に作ったclosingと一緒に表示する。
Movie -> Program -> State Sweep ..、で上のような動画が作れる。
参考URL: Morph (PyMOL Wiki)