限定プロテアーゼ処理 (Limited Proteolysis)
2015.1
- 表面のループを切ったり、小さな蛋白質断片を用いる
- 結晶化の前にプロテアーゼと混ぜておくだけ、という簡単な方法もある(in situ proteolysis)。
タンパク質表面の動きやすい部分をプロテアーゼで限定的に切断・除去することにより、結晶化の可能性を上げようというもの。ccp4bbで話題になってたので、関連文献プロトコルなどのリンク集をメモ代わりに作りました。
関連文献
- Wrmimont & Edwards PLOS ONE (2009) [DOI]：成功率12.6%
- Dong et al, Nature Methods 4, 1019 - 1021 (2007) [DOI]：キモトリプシンやトリプシンを用いている。通常の手法で構造決定出来なかった69のタンパク質のうち10で構造決定に成功した（成功率14.5%）
- McPherson et al, Acta Cryst. D60, 872-877 (2004) [DOI] [Wiley] ：結晶化に時間がかかるタンパク質はこの手法が有効だとか。
- Gaur et al, Acta Cryst. D60, 965-967 (2004) [DOI] [Wiley] ：subtilisin Carlsberg (Sigma)と100:1のモル比になるように混ぜておく。
プロトコル
- UNC School of MedicineのProf. John SondekのラボのページのResources→Protein Purification / Analysis Protocolsに.docxで置いてある。Dr. Nicole Hajicekによる。
キットとユーザーガイド／プロトコルなど