2003.3.24 by S.Fushinobu
こんなのが出来ます。
まずは専用のディレクトリを切る（沢山ファイルが出来るのでかなり重要）。以下のプログラムを起動してもno such file or directoryとか出てくる時には、ちゃんと設定している人の.cshrc(linuxなら.bashrc)を参考にして自分の設定を書き直す（基本）。
PDBファイルを編集して、ヘッダーを削る（ATOMとENDで始まる行以外を削除する）。水は、編集ソフトの置換機能を使って、原子名O、残基名HOHにしておくとよい。ファイル名を決める。(e.g. file1.pdb)。
Multimer proteinで、かつ、複数のサブユニットの両方にリガンドが認識されている場合には、その全てのサブユニットを入れたファイルを作る。
まずはligplotとだけ入力すれば使い方が出てくる。例えば、リガンドが、A chainの400〜403番めの残基になっていたら、
>ligplot file1.pdb 400 403 A
でいろんなファイルが出来る。ligplot.psというポストスクリプトファイルが出来る。ここからが本番。ligplot.prmというパラメータファイルの中を、コメントを読みながら色々と変更してみた後、上と同じコマンドを入れれば、少し違ったligplot.psが出来ます。よく読んで色々試して見れば分かるはず！
最後に、OrientationをPとLの両方で試して見た目のいい方を選ぶ。残基名、原子名を消すことも可能。