蛋白質結晶化のコツ

100514 S. Fushinobu

This page is summary of a lecture by Dr. Terese Bergfors (28 August, 2008). Thanks.

そんなものはないわけですが、素晴らしい講義をして頂いたので要約してみました（まとめるのが遅くなってすみません。本人の許可は頂いています）。詳しくは彼女の著書を読んで下さい。

Bergfors, T., Editor. Protein Crystallization: Second Edition. 2009. International University Line, La Jolla, California, 500 pp.

1) Using too many kits are not so fruitful. Save Screeen, Change Kinetic Pathway

• 沢山のキットを使ってもあまり意味がない。基本的なScreening Kitを１個か２個程度使って、条件を色々変える。96条件のSparse Matrix(JCSG+, Crystal Screen 1&2, Wizard I & IIなど)と96条件のSystematic Kit(PACT Suite, Indexなど）の計192条件で十分？これらを使って以下の条件を振ってみる。
  • 温度を振る
  • Ratio (蛋白質：リザーバの比）を1:2, 1:1, 2:1などと変える。
    • （伏信注）その前に蛋白質濃度を最適にするのが重要ですね。HamptonのPre-crystallization testなどを使って決めるが、それにとらわれず、蛋白質濃度も振ると良い。
  • Vapor diffusion以外の方法（Microbatch法、Counter diffusion法）を試す
    • Counter diffusionはかなりおすすめ。容器はGranada Crystallization Boxなどを使う。沢山試すことができないが、Molecular DimensionのMini Screen （24条件）などのキットを使ってみる。
    • Micro fluidic chipというのもある。Microlytic Inc.の"Crystal Former"などを使えば高い機械を使う必要もなく微量で試せる。

2) Repeat Screen with Seeds

• だそうだ。

3) DLS, Native PAGE

• 動的光散乱(Dynamic Light Scattering = DLS; DynaProなど)やNative PAGEなどで、SDS-PAGEでは分からないサンプルの均一性を知るべき。
• これらの結果が悪い時は、結晶化が成功する可能性が低い（ゼロではない）ので、少しだけスクリーニングをして、だめだったらすぐにあきらめる。

4) Use Biophysical Tools

• Biophysicalというか、バイオインフォマティックス系のサーバーを活用しましょう、ということ。
• XtalPred Server で結晶化しやすいか見る（伏信注：個人的にはあまり信用できない）
• Disorder/Fold Indexに関する情報を得る。
  • GLOBPLOT
  • （伏信追記）Disopredも良い 1 2
  • その他、沢山のサーバーへのリンクがDisProtにまとめられている！