2003.3.24 by S.Fushinobu
こんなのが出来ます。
まずは専用のディレクトリを切る（当然）。以下のプログラムを起動してもno such file or directoryとか出てくる時には、ちゃんと設定している人の.cshrc(linuxなら.bashrc)を参考にして自分の設定を書き直す（基本）。
アミノ酸配列をこのように作成して、clustalwまたはclustalxで配列アラインメントファイルを作る。入力には、最初に自分の配列を置き、（構造既知の類似配列があれば最後に置き）、Output Orderはinputにする方がよい。出力ファイル名は例えばmulti.alnとかにする。
PDBファイルを編集して、ヘッダーを削る（ATOMとENDで始まる行以外を削除する）。水も除く。ファイル名を適当に決める(e.g. file1.pdb)。
構造既知の類似配列があれば同様に編集(e.g. file2.pdb)
Multi chain protein (ex. A and B subumits)ならば、A chainとB chainに分ける。
PDBファイルから２次構造情報の入ったファイル(dsspファイル)を作る。まずはdsspとだけ入力すれば使い方が表示される。
>dssp file1.pdb file1.dssp
dsspのファイルが出来る。構造既知の類似配列があれば、その分(file2.dssp)も作る。
>ESPript < inputES > outputES
でポストスクリプト(.ps)ファイルが出来る。エラーが出たり、.psファイルが出来ない場合にはoutputESを見て原因を探す。inputESのサンプルはこちら。
>ESPript
とだけ入力すれば対話形式で出力できます。大事な所（ファイル名、chain nameなど）以外は適当にリターンキー連打しておけばそれなりのものはできます。
詳しい使い方（inputESファイルの書き方）の説明は面倒なので、ESPriptのホームページに行ってマニュアルを読んで下さい。ちゃんと読めば、かなり思い通りに操れるはずです。