2007.1.15 by S. Fushinobu
同じタンパク質で２つ（以上）のコンフォメーションの構造が解けたら、ムービーを作って聴衆を煙に巻いてやりましょう。
参考URL：
以下はlinuxで、リガンド有りの例。lsqmanとpymolを使います。
1. USFから（新しいOSのバイナリはここ）dejavu_linux.tar.gzとdejavu_etc.tar.gzを取ってきて適当な場所（例：/usr/xtal/usf/）に置く。マニュアル(lsqman.doc)はetcの中に入っている。
2. ~/.bashrcに以下の２行を加える。（パスを通して環境変数GKLIBを設定）
PATH="/usr/xtal/usf/dejavu_linux:$PATH" export GKLIB=/usr/xtal/usf/dejavu_etc
3. 分子を重ね合わせる（この場合は、Apo→Holoの動きで、Holoの上にApoを、ラージドメイン(a109-273)で重ねる）
#!/bin/sh lx_lsqman << end-lsqman read m1 Holo.pdb read m2 Apo.pdb at ca ex m1 a109-273 m2 a109-273 set dist 1.0 im m1 a109-273 m2 a109-273 apply m1 m2 wr m2 ApoOnHolo.pdb end-lsqman
上記の部分を例えばApoOnHolo.shとかいう名前にしてchmod +xで実行パーミッションを切ってから./ApoOnHolo.shで実行する。
lsqmanに限らずUSFのソフトは対話型で使う方が分かりやすいので、使い方を知りたければ、まず対話式で使ってみる。（lx_lsqmanで立ち上げた後に、上記のコマンドを１つづつ、最初のwordから手で入力するとなんとなく分かるはず）
4. リガンドを結合部位の外に出した座標を作る。入るときにタンパク質にぶつからないように注意。私はXtalViewのxfitを使ってますが、Cootやpymolでもできると思います。
5. ApoOnHolo.pdbとHolo.pdbをエディター等で修正する。
6. lsqmanで中間状態を書き出す。
#!/bin/sh lx_lsqman << end-lsqman read m1 ApoOnHolo.pdb read m2 Holo.pdb nomen m1 fix m1 a1-999 m2 a1 strict seq rmsd at all morph m1 a1-999 m2 a1 15 Apo2Holo cart y a109-272 999 end-lsqman
上記を1-Apo2Holo.shとかいう名前にして実行する。この例だと15枚のApo2Holo_*.pdbが出来る。
USFの説明で推奨されているように、lsqmacを使って書きだした分子をさらに重ね合わせるのは、普通は必要ない。
上記の例ではcartesian方式でやってます。これは単に２つの座標の間をつないだだけなので、中間では化学結合の角度とかが変になることがあります。これが気になる人は、cartの代わりにinternalオプションを使って下さい。ただし、この場合、リガンドは書いてくれないので別に計算したものを使う必要があります（面倒）。
7. 一つのファイルにまとめる。
BEGIN{i=0}
($1=="REMARK"&&$2=="Created"){
if (i>0) {print("TER");print("ENDMDL")};
printf("MODEL %d\n",i);i++;
}
(($1!="REMARK")&&($1!="END")){print($0)}
END{print("TER");print("ENDMDL")}
上記をPDB4mov.awkというファイルにする。
#!/bin/sh if [ -f tmp.pdb ] ; then rm tmp.pdb fi cat 1-Apo2Holo_1.pdb >> tmp.pdb cat 1-Apo2Holo_1.pdb >> tmp.pdb cat 1-Apo2Holo_?.pdb >> tmp.pdb cat 1-Apo2Holo_??.pdb >> tmp.pdb cat 1-Apo2Holo_15.pdb >> tmp.pdb cat 1-Apo2Holo_15.pdb >> tmp.pdb rm 1-Apo2Holo_*.pdb gawk -f PDB4mov.awk tmp.pdb > Apo2Holo.pdb rm tmp.pdb rm *.omac rm *.lsqmac
上記を2-Combine.shとかいう名前にして実行。（最初と最後の構造をフレーム多めにしてみた。） gawkがない場合には適当にawkとかに変えて下さい。
8. pymolでAPo2Holo.pdb を開く。右下のボタンでムービーを制御可能。メニューのMovieから、スピードを制御したり、１枚づつレンダリングしたり（遅い！）できる。通常のpymolの使い方を知ってれば自由に表示方法を変えられます。プレゼンにはこれで十分でしょう。（パワーポイントのプレゼンテーションを一旦ESCとかで終了して、.pse (Pymol Session)ファイルを開けばよい。向きとか表示も自由に変えられるし。）
9. Mac版のpymolからはQuickTime movieが簡単に書き出せます。何らかのツールを使えばaviやmpegなどにも変換できるはず。複数のイメージファイルを書きだして、GraphicConverter (Mac OS)やphotoshopなどを使えばアニメーションGIFを作ることもできるはず。